Question

我正在尝试从计算机上的.RData文件加载数据，并且为此尝试运行一个闪亮的应用程序。我的代码在下面，但是当我运行它时，出现错误“无法打开连接”。为什么会出现此错误？

library(shiny)

ui <- fluidPage(
  tableOutput("table")
)

server <- function(input, output, session) {
  dataset <- reactive({
    if (inFile == "")
      return(NULL)
    get(inFile$file1, load("E:/RProjects/Dashboard/gender1.RData"))
  })

 output$table <- renderTable({
    if (is.null(dataset()))
      return(NULL)
    head(dataset(), 10)
  })
}

shinyApp(ui, server)

样本数据：

structure(list(Gender = c("Male", "Male", "Male", "Male", "Male", 
"Male", "Male", "Male", "Male", "Male"), Height = c(73.847017017515, 
68.7819040458903, 74.1101053917849, 71.7309784033377, 69.8817958611153, 
67.2530156878065, 68.7850812516616, 68.3485155115879, 67.018949662883, 
63.4564939783664), Weight = c(241.893563180437, 162.3104725213, 
212.7408555565, 220.042470303077, 206.349800623871, 152.212155757083, 
183.927888604031, 167.971110489509, 175.92944039571, 156.399676387112
), BMI = c(0.0443566151469252, 0.0343082174614673, 0.0387343292394288, 
0.0427654457094595, 0.0422547891767963, 0.033653156898047, 0.0388739862001733, 
0.0359564180086832, 0.039169072415755, 0.0388404008602306), probability = c(5.77831234737499e-06, 
0.605952546493327, 2.62595199514618e-05, 0.000362873417265588, 
0.00461190097404834, 0.911068673692331, 0.0496119303175197, 0.352335117615303, 
0.139124546478089, 0.343426515632885)), row.names = c(NA, 10L
), class = "data.frame")

Answer 1

正如Vishesh所说，我认为您可能需要使用readRDS而不是load，但这是一个shiny应用程序，它允许所有三个：csv，rds或rda。 / p>

首先，进行快速调试设置，以便我们测试三种类型的文件：

write.csv(mtcars, file="mt.csv")
saveRDS(mtcars, file="mt.rds")
save(mtcars, file="mt.rda")

（生产应用程序肯定不需要。）

现在该应用程序：

library(shiny)

ui <- fluidPage(
  sidebarLayout(
    sidebarPanel(
      fileInput("file1", "Choose CSV, rda, or rds File"),
      tags$hr(),
      checkboxInput("header", "Header (if CSV)", TRUE),
      uiOutput("rda_objname")
    ),
    mainPanel(
      tableOutput("contents")
    )
  )
)

server <- function(input, output) {
  file1_ <- reactive({
    req(input$file1)
    # might also work with input$file1$type, which is something like
    # 'application/vnd.ms-excel', though for me in testing this was
    # blank for RDS/RDA ...
    a <- input$file1
    a$ext <- tolower(tools::file_ext(input$file1$name))
    # ... though length==1 since we did not do multiple = TRUE
    a$ext <- ifelse(a$ext == "rdata", "rda", a$ext)
    a
  })
  rawdat <- reactive({
    req(file1_())
    inFile <- file1_()
    # if we ever do fileInput(..., multiple = TRUE), this will need to
    # be on a vector of length > 1
    if ("csv" == inFile$ext) {
      return( read.csv(inFile$datapath, header = input$header) )
    } else if ("rds" == inFile$ext) {
      return( readRDS(inFile$datapath) )
    } else if (inFile$ext == "rda") {
      e <- new.env(parent = emptyenv())
      load(inFile$datapath, envir = e)
      return( e )
    } else return( NULL )    
  })
  output$rda_objname <- renderUI({
    # this only displays a select-input if the input file is valid and
    # an Rdata-looking file, otherwise the select-input is absent
    req(file1_())
    inFile <- file1_()
    if (inFile$ext == "rda") {
      obj <- isolate(ls(envir = rawdat()))
      selectInput("objname", "RDA object name",
                  choices = c("Select object name ...", obj))
    } else return( NULL )
  })
  dat <- reactive({
    req(rawdat())
    inFile <- isolate(file1_())
    if (inFile$ext == "rda") {
      req(input$objname, input$objname %in% ls(envir = rawdat()))
      return( get(input$objname, envir = rawdat()) )
    } else return( rawdat() )
  })
  output$contents <- renderTable({
    req(dat())
    dat()
  })
}

shinyApp(ui, server)

如果在fileInput中选择CSV或RDS文件，则它将自动呈现表格。如果它以.rda或.rdata结尾（不区分大小写），则它将创建一个选择器来选择rda文件中的哪个对象（因为它们实际上存储具有命名对象而不是单个对象的环境）

演示：带有CSV或RDS：

使用RDA文件（其中只有一个对象，mtcars：

您的代码有一些其他更改：

我使用的是if (is.null(...))风格的shiny方法，而不是使用req(...)；当事情没有按照您（开发人员）的预期进行时，它更加人性化；
我有意isolate提出了一些可能无法隔离的东西，但我希望有一个明确的反应路径；如果A依赖于B而C同时依赖于A和B，则当A更新时，C将更新，然后B将更新，从而导致C重新更新……可能使人头晕目眩，但这可能是多个依赖路径的结果。
因为这同时接受两种类型的存储（一个对象和多个存储），所以我需要分两步来检索数据：rawdat()可能是环境（RDA）或实际的objecvt； dat()始终是对象或NULL（如果未选择RDA和对象名称）。
我不需要else return(NULL)中的output$rda_objname，在此示例中我只是为了清楚和显式代码而已；我可能不会在我的生产代码中使用它。
我在这里也经常使用return；从技术上讲，在所有这些用途中都不需要它，我只是在此示例中是明确的。

Answer 2

我建议使用readRDS来读取RData文件。另外，您需要指定fileInput UI元素，用户可使用该UI元素浏览到数据文件。

library(shiny)

ui <- fluidPage(
  fileInput("file", label = "Rdata"),
  tableOutput("table")
)

server <- function(input, output, session) {
  dataset <- reactive({
    req(input$file)
    inFile <- input$file
    readRDS(inFile$datapath)
  })

  output$table <- renderTable({
    if (is.null(dataset()))
      return(NULL)
    head(dataset(), 10)
  })
}

shinyApp(ui, server)

您在评论中提到的链接说明了req的用法，当应用加载且用户尚未选择数据源时，它可以防止您的应用出错。

运行闪亮的应用程序时出现错误“无法打开连接”

2 个答案: