使用NetworkX / PyGraphviz绘制多图：微调节点/边缘位置

Question

我想用NetworkX或多或少地复制下图（摘自F. Crick，《自然》 227，561（1970））：

我可以使用MultiDiGraph重现基础图：

import networkx as nx

g = nx.MultiDiGraph()
weakEdges = [('RNA', 'DNA'), ('RNA', 'RNA'), ('RNA', 'protein')]
strongEdges = [('DNA', 'DNA'), ('DNA', 'RNA'), ('DNA', 'protein')]
g.add_edges_from(weakEdges)
g.add_edges_from(strongEdges)

，但是显然内置的matplotlib绘图不支持平行边，这是正确的多重图形所必需的。

另一方面，我可以将g转换为PyGraphviz AGraph并进行绘制：

a = nx.nx_agraph.to_agraph(g)
for etup in weakEdges:
    a.get_edge(*etup).attr['style'] = 'dashed'

a.draw('test2.png', prog='circo')

这非常接近我想要的，但是我在弄清楚一些更好的细节时遇到了麻烦：

• 使用circo布局，是否可以将“ DNA”节点居中于图的顶部？如果没有，如何控制每个节点的绝对位置？

• 如何调整自身边缘（例如“ DNA”->“ DNA”边缘）的位置，使其与原始图中的边缘更相似？

Answer 1

使用普通的Graphviz /点语法进行的小型设置（将其馈送到http://www.webgraphviz.com/并可以看到结果）：

digraph X {
{rank=same; RNA Protein}
DNA -> RNA
DNA -> Protein
Protein -> RNA
DNA:n -> DNA:n
}

基本部分在这里：

• :n放置阵列的位置（其他可能性是其他风向，例如:nw）。
• rank=same;将所提到的节点排成一行