我对R比较陌生,并且对绘制剂量反应曲线感兴趣。我发现GRMetrics非常有用。
示例(如文档中所述)将产生散点图,并在其上方绘制近似函数-完美,但如何针对点和曲线的颜色,轴标签,厚度等对图形设计进行透彻处理。 在文档中,我发现它与ggplot2兼容,但是我没有找到任何示例,也没有设法将GRMetric的输出集成到ggplot环境中以编辑图形。
我对如何解决此问题的任何建议表示感谢。
GRMetrics的安装和代码:
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly=TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("GRmetrics")
install.packages("foreign")
browseVignettes("GRmetrics") #link to documentation
library(GRmetrics)
data(inputCaseA)
head(inputCaseA)
drc_output = GRfit(inputCaseA, groupingVariables =c('cell_line','agent'))
GRdrawDRC(drc_output)
答案 0 :(得分:0)
万一有人感兴趣:我找到的解决此问题的方法是...。 1)从GRdrawDRC导出曲线参数和数据点。 GRmetrics软件包使用S形拟合,其功能在其文档中给出 2)将曲线和所有参数复制/插入ggplot中(例如,作为stat_function + geom_point())。
然后您就可以轻松进行图形设置了格式。