从网站运行tcoffee时出现细分错误

时间:2018-11-08 10:38:30

标签: segmentation-fault apache2 shell-exec

我有一个脚本,该脚本首先生成具有dna序列的多个文件,然后对其进行迭代,并使用tcoffee计算多序列比对。

此脚本从使用php和shell_exec的网站启动 我收到错误消息:

generateSequences.sh: line 29: 8736 Segmentation fault (core dumped) t_coffee -seq $file -n_core 4

但是,当我登录用户www-data并从那里使用相同命令启动脚本时,它执行得很好。

在两种情况下,我的启动脚本都为

bash generateSequences.sh <options>

我猜想我需要更改一些Apache配置,但是我不知道该做些什么。

即使从网站启动,序列生成部分也可以工作,只有脚本内部对t_coffee的调用才会导致错误。

我已经将memory_limit设置为20GB

谢谢您的帮助

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