Question

如何以矢量格式导出具有R格式的图像，其中包含用于文本标签和实际打印的单独图层？

我之所以问是因为我正在准备要发表的文章，而编辑要求我

为[my]图片提供最高质量的矢量格式版本（.ai，.eps，.psd）。

他们还指出

文本和标签应位于单独的图层中以启用编辑在生产过程中。

我在ggplot2中创建了图，并设法以矢量格式（svg导出），因为这种格式显示出与eps半透明阴影不同的效果。要么使用ggsave（“ filename.svg”），要么在一种情况下，我添加了带有svg（“ filename.svg”）和dev.off（）的其他文本（我之所以不使用构面，是因为在实际绘图中我将显着性水平添加到各个面板中

library(ggplot2); library(cowplot); library(svglite)

data_set = structure(list(Target = c("Snodgrassella", "Snodgrassella", "ABPV", 
                                     "ABPV", "DWV", "DWV", "SBPV", "SBPV", "AmFV", "AmFV", "Gilliamella", 
                                     "Gilliamella"), Legend = structure(c(1L, 2L, 1L, 2L, 1L, 2L, 
                                                                          1L, 2L, 1L, 2L, 1L, 2L), .Label = c("A", "B"), class = "factor"), 
                          Estimate = c(69.6983166741774, 93.5474567104972, 12.5, 3.125, 
                                       0, 0, 6.25, 12.5, 0, 0, 90.625, 90.625), Nucleotide = structure(c(2L, 
                                                                                                         2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("RNA", 
                                                                                                                                                                 "DNA"), class = "factor")), row.names = c(7L, 8L, 9L, 10L, 
                                                                                                                                                                                                           15L, 16L, 21L, 22L, 23L, 24L, 31L, 32L), class = "data.frame")
RNA_data_set = subset(data_set, Nucleotide == "RNA")
DNA_data_set = subset(data_set, Nucleotide == "DNA")

RNA_plot <- ggplot(RNA_data_set, aes(x=Target, y=Estimate, fill = Legend))+
  geom_bar(stat="identity", color = "black")+
  xlab(NULL) +
  theme(legend.position="none",
        plot.margin = unit(x = c(0.25,0.25,0.25,1),"cm"))+
  ylab("RNA")

DNA_plot <- ggplot(DNA_data_set, aes(x=Target, y=Estimate, fill = Legend))+
  geom_bar(stat="identity", color = "black")+
  xlab(NULL) +
  theme(legend.position="none",
        plot.margin = unit(x = c(0.25,0.25,0.25,1),"cm"))+
  ylab("RNA")

svg("filename.svg")
plot_grid(RNA_plot, DNA_plot, nrow = 2)
grid.text(unit(0.03,"npc"),0.5, label = "Y-label (%)", rot = 90)
dev.off()

但是，我不知道如何将文本/标签与不同层中的实际图分开。有人知道该怎么做吗？

Answer 1

ggplot不会让您从同一图导出不同的图层，据我所知，因此这是一个相当简单的解决方法。修改绘图代码以绘制两个绘图：一个仅显示轴和数据，另一个仅显示文本/标签。在每个图中，您将每个元素都保留在那里（以便项的位置保持不变），但是使用主题编辑来使您不想看到的元素透明。

此处介绍了如何修改您的RNA图，以获取仅包含数据的一个图和仅包含文本/标签的第二个图。

 RNA_plot_data <- ggplot(RNA_data_set, aes(x=Target, y=Estimate, fill = Legend))+
  geom_bar(stat="identity", color = "black")+
  xlab(NULL) +
  theme(legend.position = "none",
        text = element_text(color = "transparent"), #transparent text
        axis.text = element_text(color = "transparent"),
        plot.margin = unit(x = c(0.25,0.25,0.25,1),"cm"))+
  ylab("RNA")
RNA_plot_data

RNA_plot_text <- ggplot(RNA_data_set, aes(x=Target, y=Estimate, fill = Legend))+
  geom_bar(stat = "identity", alpha = 0) + #make data transparent
  xlab(NULL) +
  theme(legend.position="none",
        axis.line = element_blank(), #remove axes
        axis.ticks = element_blank(),
        #make all rectangles (plot and panel background) transparent
        rect = element_rect(fill = "transparent", colour = NA),
        plot.margin = unit(x = c(0.25,0.25,0.25,1),"cm"))+
  ylab("RNA")
RNA_plot_text

只要您使用支持透明度的文件格式保存这些图，就可以拥有图层和文本/标签层。

仅数据图：

纯文字图：

以矢量格式从R导出图像，并带有用于文本和绘图的单独图层？

1 个答案: