Question

我有一个R脚本，它从MySQL数据库中提取数据，处理它，创建多个图表和图形，将这些图形打印到文件中，并将文件名作为字符串返回。它在我们的旧服务器（运行R2.10.1的Solaris 10（32位））上工作正常，但现在我们的新服务器（运行R 2.12.1的Centos（64位））出现错误。

我不会发布整个脚本，因为它很长并且大部分工作正常。它仍然访问数据库，处理数据，创建图表和图形，并将它们打印到文件。它只是不返回文件名。这是错误：

Error in save(exp, meta, MDist.median, redgrad.pal, colgrad.pal, phase_starts,  : 
  object âx.gcâ not found
Function brew returned an object of 'try-error'.

以下是剧本的各个部分：

<% 
Sys.umask(mode="0022")
fn=tempfile('z_')
fn.prof<-paste(fn,'prof',sep='.')
fn.data<-paste(fn,'txt',sep='.')
fn.r<-paste(fn,'rda',sep='.')
fn.graph=paste(fn,'pdf',sep='.')

library(Cairo)
library(rjson)
library(DBI)
library(RMySQL)
library(reshape)
library(plyr)
library('RColorBrewer')
library(ggplot2)
library(lattice)
library(latticeExtra)
library(hexbin)


exp_id<-ifelse(is.null(POST$exp_id),0,as.numeric(POST$exp_id))
group_id<-ifelse(is.null(POST$groupset_id),0,as.numeric(POST$groupset_id))
saveR<-ifelse(is.null(POST$saveR),FALSE,as.logical(POST$saveR))
control<-ifelse(is.null(POST$control),'rowH',as.character(POST$control))

#open connection to db
#process data
#format

#output

pdf(fn.graph,title=meta$exp_name)
dummy <- capture.output(print(plist)) #expensive: 3.56s
print(dists.med.areaplot) #expensive: 5.67s
print(dists.med.lplot)
dev.off()

####HERE IS PROBLEM####
save(exp, meta, MDist.median, 
        redgrad.pal, colgrad.pal, 
        phase_starts, voi, plist, 
        grect, nogrid, dists.med.areaplot, dists.med.lplot,x.gc, file=fn.r )


#return filenames to calling script
cat(toJSON(list('filename'=fn.data, 'graph_pdf'=fn.graph,'rfile'=fn.r)))
%>

思想？

ETA：

归结为新服务器上的LOCALE设置与旧服务器不同。错误消息应为：object "x.gc" not found。我发现了令人讨厌的对象并且严厉地说出来。问题解决了（这确实有助于提供清晰的错误信息！）

Answer 1

原始海报回答了这个问题。这个问题可能会被标记为已回答。

旧脚本，新服务器，意外错误

1 个答案: