Question

我正在尝试通过Windows命令提示符上的BAT文件运行R脚本。

脚本需要一些R软件包，例如data.table，tidyR等。

出于操作原因，所有必需的R软件包和依赖项（包括data.table）都安装在C:\Users\username\Documents\R\R-3.5.1\library处。我不允许在此环境中安装RStudio。

当我尝试 "C:\Program Files\R\R-3.5.1\bin\x64\Rscript.exe" script.R，我收到类似

的错误

库（data.table）中的错误：没有名为“ data.table”的软件包执行停止

如何通过命令提示符将.libPaths设置为指向软件包的正确位置（即C:\Users\username\Documents\R\R-3.5.1\library）？

谢谢。

Answer 1

免责声明：我不熟悉R。

来自R: Search paths：

库搜索路径在从环境启动时初始化   变量R_LIBS（应该是用冒号分隔的目录列表   R库树植根于此），然后是环境中的树库   变量R_LIBS_USER。只有当时存在的目录才会   包括在内。

默认情况下未设置R_LIBS，并且R_LIBS_USER设置为目录   主目录的“ R / R.version $ platform-library / x.y”（或   对于CRAN macOS版本，“ Library / R / x.y / library”），对于R x.y.z。

可以使用set VARIABLE_NAME=YOUR_VALUE批处理命令来创建environment variable。

因此您的批处理文件可能应该是这样的：

cd /d "C:\INSERT_PATH_TO_DIRECTORY_CONTAINING_script.R"
set "R_LIBS=C:\Users\username\Documents\R\R-3.5.1\library"
"C:\Program Files\R\R-3.5.1\bin\x64\Rscript.exe" script.R

但是，出于可移植性的原因（假设某位同事要求您提供脚本副本或计算机死机），我建议将脚本，R库和批处理文件放在单个目录中，例如C:\Users\username\Documents\R。批处理文件C:\Users\username\Documents\R\script.bat变为：

cd /d "%~dp0"
set "R_LIBS=%~dp0R-3.5.1\library"
"%PROGRAMFILES%\R\R-3.5.1\bin\x64\Rscript.exe" "%~dpn0.R"

%PROGRAMFILES%环境变量扩展为program files文件夹的完整路径，%~dp0 parameter扩展为包含批处理文件的目录的完整路径，而{{1} }是批处理文件的完整路径，不带扩展名。

请注意，%~dpn0不是错字，因为%~dp0R-3.5.1包含尾部反斜杠。

这样，您可以将%~dp0复制到C:\Users\username\Documents\R，脚本仍将运行。

如果您创建脚本的另一个版本，只需复制批处理文件，使其具有与脚本相同的文件名，但扩展名为D:\Users\SOMEOTHERNAME\Documents\R而不是.bat，它应调用新脚本-该脚本具有实践证明，在调试和分发脚本时非常方便。

或者，如果您想单独安装库，则可能要使用扩展为.R的{{1}}。

可以提取正确的%HOMEDRIVE%%HOMEPATH%文件夹路径以及C:\Users\username安装路径，但需要读取注册表，因此更加复杂。

设置.libPaths（）以使用Rscript.exe

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