使用PomeGranate拟合多分量GammaDistribution

时间:2018-11-04 13:23:27

标签: statistics probability hidden-markov-models

我正在尝试从某些数据生成HMM模型,它应该由3个独立的Gamma分布组成,但是出现以下我似乎无法解决的错误:

ValueError: shapes (909,1) and (909,1) not aligned: 1 (dim 1) != 909 (dim 0)

以下是我的设置以及一些可用于处理的数据: 从石榴进口*     随机导入     将numpy导入为np

data = list(np.random.normal(loc = 0, scale = 1,size = 1000))
data = np.asarray(data)
data = data.reshape(-1, 1)

model3 = HiddenMarkovModel.from_samples(GammaDistribution, n_components=3, X=data)

如果我只是使用NormalDistribution代替,则设置有效

1 个答案:

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以下GitHub主题解决了此问题: https://github.com/jmschrei/pomegranate/issues/490

基本上,通过pip或conda安装的最新版本的石榴中存在错误。您将不得不从git存储库中获取最新代码并进行安装。完成此操作(假设已安装Git)在命令提示符下执行以下命令:

git clone https://github.com/jmschrei/pomegranate 
cd pomegranate 
python setup.py install