使用knit（）和pandoc（）进行编织时，请使用样式模板和参考书目

Question

从R中用*.docx和*.bib编织*.Rmd文件时，如何使用knit()样式模板和pandoc()参考书目命令行？

我有一个R Markdown文档，该文档依赖一堆加载缓慢的模拟结果。我首先加载结果，然后使用knit()和pandoc()运行* .Rmd文件，而不是从RStudio菜单中编织文档。

load("Sim.RData")
library(knitr)
knit("MyPub.Rmd")
pandoc("MyPub.md", format="docx")

在我尝试将带有引用的Word或书目的样式模板合并到一起之前，此方法很好用。例如，这是一个简单的* .Rmd文件。

---
title: "Title"
author: "Author"
date: "Today"
output:
  word_document:
    reference_docx: template.docx
bibliography: bibliography.bib
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# Header 1

## Header 2

For more information see @Youngs1980.

# References

如果我通过在RStudio菜单中编织文档来编织* .Rmd，则它成功地从template.docx提取样式信息和bibliography.bib的书目信息，这两个都在我的项目中目录。

但是，如果我使用knit()和pandoc()而不是从菜单中进行编织，则不会合并样式和书目。

我没有收到任何警告或错误消息。我首先想到的是pandoc找不到样式和书目文件。因此，我将它们复制到了默认的pandoc目录C:\Users\jvadams\AppData\Roaming\pandoc。仍然不起作用。

Answer 1

我建议不要使用 rmarkdown 包中的knit function，而不是分别使用pandoc和render。此功能从本质上将这两个功能合为一体，使根据指定的YAML控制pandoc设置更加容易。

这仍然具有在编织报告之前加载数据集的好处。以您的示例为例：

load("Sim.RData")
library(rmarkdown)
render("MyPub.Rmd")