从Jenkinsfile

Question

我试图在我的Jenkinsfile中激活一个conda环境，该环境是从Dockerbuild创建的，但是我不知道如何在我的Jenkinsfile的shell脚本中激活该环境。

但是此行. /opt/conda/envs/myapp-env/bin/activate无法在我的Jenkinsfile中激活

Dockerfile

FROM continuumio/miniconda3:latest

WORKDIR /tmp/app

COPY environment.yml environment.yml

#missing dependencies

RUN conda config --add channels conda-forge \ 
  && conda env create -n myapp-env -f environment.yml \
  && rm -rf /opt/conda/pkgs/*

ENV PATH /opt/conda/envs/myapp-env/bin:$PATH

RUN echo $PATH
RUN conda env list

Jenkinsfile ：

try {
        stage('Activate environment & Unit Test') {
            buildImage.inside {

                sh '''
                echo $PATH
                echo $HOME
                . /opt/conda/envs/myapp-env/bin/activate && python -m pytest tests --cov ./server --cov-report term-missing --cov-report xml --junitxml=build/results.xml
                '''
            }
        }

回显$ PATH和$ HOME的结果：

Running shell script
+ echo /opt/conda/envs/dfog-app/bin:/opt/conda/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin
/opt/conda/envs/myapp-env/bin:/opt/conda/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin
+ echo /

Answer 1

在您的Dockerfile中，无需这样做：

ENV PATH /opt/conda/envs/myapp-env/bin:$PATH

在您的Jenkins文件中，执行以下操作：

source /opt/conda/etc/profile.d/conda.sh
conda activate myapp-env
python -m pytest tests --cov ./server --cov-report term-missing --cov-report xml --junitxml=build/results.xml

Answer 2

您收到的错误消息可能是

  

CommandNotFoundError：您的外壳尚未正确配置为使用“ conda activate”。

因为continuumio/miniconda3:latest映像仅将所有内容设置为root用户，而不是Jenkins的运行方式。

要激活环境，您需要先source /opt/conda/etc/profile.d/conda.sh。

但是，您可能会遇到各种各样的其他权限问题，因为conda不能像其他任何用户一样工作，而Jenkins不能以root用户身份工作。