Question

我正在尝试将工具提示添加到我之前绘制的图中：

在x轴上是标记位置，在y轴上包含基因位置。工具提示当前为空

但是当我尝试添加它们时，出现RuntimeError。

对于绘图，我使用一个df，其中包含标记和基因坐标（分别为xmar和xgen）和LOD值。这三列来自三个单独的列表（xmar，ygen和value）：

DFvalue = pd.DataFrame({'xmar':xmar, 'ygen':ygen, 'value':value})

   xmar  ygen     value
0     0   402  5.075381
1     0   708  4.619449
2     1   489  3.817142
3     1   652  4.396806
4     2   500  3.662211

，并使用另一个名称而不是坐标的df（链接到工具提示？）。此df再次由三个列表（marname，genname和value）组成：

DFname = pd.DataFrame({'xname':marname, 'yname':genname, 'value':value})

      xname      yname     value
0  c1_00593  AT1G05430  5.075381
1  c1_00593  AT1G05900  4.619449
2  c1_00600  AT1G07790  3.817142
3  c1_00600  AT1G08230  4.396806
4  c1_00789  AT1G08920  3.662211

我用于绘图的代码如下，我想ColumnDataSource()出了点问题，但是我看不到为什么或如何？

TOOLS= "hover,pan,wheel_zoom,zoom_in,zoom_out,box_zoom,undo,redo,reset,save"
SOURCE = ColumnDataSource(DFvalue)
TOOLTIPS = [
    ('gene', '@genname'),
    ('marker', '@marname'),
    ('LOD score', '@value')
]

 #Create figure
 p = figure(tools=TOOLS, tooltips=TOOLTIPS)
 p.xaxis.axis_label = 'Position genes'
 p.yaxis.axis_label = 'Position markers'


 p.circle(x=xmar, y=ygen, source=SOURCE, size=6, fill_alpha=0.8)

运行后，我收到以下错误：

p.circle(x=xmar, y=ygen, source=SOURCE, size=6, fill_alpha=0.8)
File "fakesource", line 5, in circle
File "C:\Anaconda3\lib\site-packages\bokeh\plotting\helpers.py", line 757, in func
raise RuntimeError(_GLYPH_SOURCE_MSG % nice_join(incompatible_literal_spec_values, 
conjuction="and"))
RuntimeError: 

Expected x and y to reference fields in the supplied data source.

When a 'source' argument is passed to a glyph method, values that are sequences
(like lists or arrays) must come from references to data columns in the source.

For instance, as an example:

source = ColumnDataSource(data=dict(x=a_list, y=an_array))

p.circle(x='x', y='y', source=source, ...) # pass column names and a source

Alternatively, *all* data sequences may be provided as literals as long as a
source is *not* provided:

p.circle(x=a_list, y=an_array, ...)  # pass actual sequences and no source

Answer 1

错误消息包含有关使用错误的所有信息，以及有关如何解决问题的信息：

将x和y用作提供的数据源中的参考字段。

将“源”参数传递给字形方法时，   序列（如列表或数组）必须来自对数据的引用   源中的列。

例如，

source = ColumnDataSource（data = dict（x = a_list，y = an_array））

p.circle（x ='x'，y ='y'，source = source，...）＃传递列名和   来源

或者，所有数据序列可以按原义提供，例如   只要未提供来源，

p.circle（x = a_list，y = an_array，...）＃传递实际序列而没有   来源

您将source传递给字形方法，但是您还传递了x=xmar和y=ygen的真实列表。

p.circle(x=xmar, y=ygen, source=SOURCE, size=6, fill_alpha=0.8)

由于错误状态，这是不允许的。如果将source传递给字形，则字形的所有内容都应来自源代码。您不能混搭。因此，必须将xmar和ygen作为列放在ColumnDataSource中，然后将x和y配置为使用这些列：

p.circle(x='xmar', y='ygen', source=SOURCE, size=6, fill_alpha=0.8)

您可以手动将这些列添加到source.data字典中，也可以在调用ColumnDataSource(DFvalue)之前将列添加到数据框中

Answer 2

您的ColumnDataSource是从DFvalue构建的，但是您正在尝试从DFname获取工具提示数据。我想如果您在ColumnDataSource中包含其他数据：

SOURCE = ColumnDataSource(data=dict(
    xmar=DFvalue['xmar'],
    ymar=DFvalue['ygen'],
    value=DFvalue['value']
    marname=DFname['xname']
    genname=DFname['yname']))

您可以在TOOLTIP中指向所需的数据。

Bokeh RuntimeError，如何添加工具提示以进行绘制？

2 个答案: