如何将NIfTI(或DICOM)转换为16位灰度PNG

时间:2018-10-31 11:59:35

标签: image medical

我有一些DICOMNIfTI格式的医学MRI数据。如何将切片转换为 16位png 格式?

我在[miconv] ubuntu软件包中尝试了mitoolshttp://manpages.ubuntu.com/manpages/xenial/man1/miconv.1.html),并在GitHub上尝试了[med2image]https://github.com/FNNDSC/med2image)。

他们肯定可以将.nii转换为.png。但是,由于它们都转换为8bit RGB模式,因此我遭受了严重的强度损失。 原始NIfTI 通常为16bit灰度形式。

[man page]的{​​{1}}(http://manpages.ubuntu.com/manpages/xenial/man1/miconv.1.html)提到了 unsigned 16 bit 。所以我尝试了

miconv

但是输出显然不是合法的PNG文件。

或者也许我被迫使用miconv pt000_t2tse_sag.nii pt00_t2tse_sag.png -wf u16bit nibabel)和pydicom编写一个自定义的python脚本。

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