Question

我有包含3列的.csv文件。我想从.csv文件的第二列中提取“ .tif”文件的名称。在这些名称中搜索存储在folder_A的不同子文件夹中的图像文件，然后将所有这些文件复制到folder_B。我想用shell脚本来做。有帮助吗？

instance_identifier,Image_name,therapeutic_class
DMSO_0_26247_p12_ER_s4,cdp2w9x2_p12_s4_w2e7e45247-7535-47c6-9125-62c2ecb0f440.tif,control
DMSO_0_26247_p12_ER_s5,cdp2w9x2_p12_s5_w2f724ded3-24a8-466a-b578-539f79140a8b.bmp,control
DMSO_0_26247_p12_ER_s6,cdp2w9x2_p12_s6_w2794d1ed4-bbb9-4790-b082-324ad7dc8438.tif,control
DMSO_0_26247_p12_Mito_s1,cdp2w9x2_p12_s1_w5b288b243-7189-41f0-993e-4444faac5197.png,control
DMSO_0_26247_p12_Mito_s2,cdp2w9x2_p12_s2_w522e6faa1-729a-4272-b476-4ec27d3459ca.tif,control

我尝试过类似的操作，但是我无法指定.tif文件并且没有成功

#!/bin/bash
while IFS=',', read -r instance_identifier Image_name therapeutic_class;
do
    echo "$Image_name"
    find /folder_A/ -name "${Image_name}" -exec cp '{}' /folder_B \;
done < image_exp_details.csv

Answer 1

您可以使用awk过滤第2列中包含.tif的行

$ cat /tmp/file
# Table looks like
#header1   header2   header3
#name1     aa1.jpg    positive
#name2     aa2.tif    positive
#name3     aa3.bmp    negative
#name4     aa4.tif    positive
#name5     aa5.tif    negative

$ awk '$2~/\.tif$/' /tmp/file 
#name2     aa2.tif    positive
#name4     aa4.tif    positive
#name5     aa5.tif    negative

给出更新后的输入：

$ awk -F, '$2~/\.tif$/{print $2}' /tmp/file
cdp2w9x2_p12_s4_w2e7e45247-7535-47c6-9125-62c2ecb0f440.tif
cdp2w9x2_p12_s6_w2794d1ed4-bbb9-4790-b082-324ad7dc8438.tif
cdp2w9x2_p12_s2_w522e6faa1-729a-4272-b476-4ec27d3459ca.tif

Answer 2

如果记录太多，

grep / xargs将使其运行更快。

grep -Eo '[^,]+[.]tif' image_exp_details.csv | 
  xargs -IFileName find -name FileName -exec mv {} /folder_B/ \;

这可能需要一些路径调整。如果不在/folder_A/中，则需要从image_exp_details.csv运行到/folder_A/的完整路径。

我假设您只希望TIFF列在CSV中，并且您不想移动其他TIFF，是吗？

在所有子文件夹中从.csv搜索文件并将其复制到新位置

2 个答案: