Question

Fisher精确检验与超几何分布有关，我希望这两个命令将返回相同的p值。谁能解释我做错了哪些不匹配的事情？

preferBarber = yield barbeariaStore.get(lambda barber : barber == 'Barber A')

Answer 1

在这种情况下，对phyper的实际调用是phyper(x - 1, m, n, k, lower.tail = FALSE)。查看与fisher.test的调用相关的fisher.test(matrix(c(x, m-x, k-x, n-(k-x)),2,2), alternative='greater')的源代码。在第138行，PVAL设置为：

switch(alternative, less = pnhyper(x, or), 
    greater = pnhyper(x, or, upper.tail = TRUE), 
    two.sided = {
      if (or == 0) as.numeric(x == lo) else if (or == 
        Inf) as.numeric(x == hi) else {
        relErr <- 1 + 10^(-7)
        d <- dnhyper(or)
        sum(d[d <= d[x - lo + 1] * relErr])
      }
    })

由于alternative = 'greater'，PVAL被设置为pnhyper(x, or, upper.tail = TRUE)。您可以看到在行122上定义了pnhyper。在这里，or = 1被传递到ncp，因此呼叫为phyper(x - 1, m, n, k, lower.tail = FALSE)

使用您的值：

x = 14
m = 20
n = 41047
k = 40
phyper(x - 1, m, n, k, lower.tail = FALSE)
# [1] 2.01804e-39

fisher.test（）的p值与phyper（）不匹配

1 个答案: