Question

我已经运行docker run来生成文件

sudo docker run -i --mount type=bind,src=/home/mathed/Simulation/custom_desman/1/Strains/Simulation2/Assembly,target=/home/mathed/Simulation/custom_desman/1/Strains/Simulation2/Assembly 990210oliver/mycc.docker:v1 MyCC.py /home/mathed/Simulation/custom_desman/1/Strains/Simulation2/Assembly/final_contigs_c10K.fa

这是我执行后收到的消息。

20181029_0753
4mer
1_rename.py /home/mathed/Simulation/custom_desman/1/Strains/Simulation2/Assembly/final_contigs_c10K.fa 1000
Seqs >= 1000 : 32551
Minimum contig lengh for first stage clustering: 1236
run Prodigal.
/opt/prodigal.linux -i My.fa -a gene.aa -d gene.nuc -f gbk -o output -s potential_genes.txt
run fetchMG.
run UCLUST.
Get Feature.
2_GetFeatures_4mer.py for fisrt stage clustering
2_GetFeatures_4mer.py for second stage clustering
3_GetMatrix.py 1236 for fisrt stage clustering 
 22896 contigs entering first stage clustering
Clustering...
1_bhsne.py 20
2_ap.py /opt/ap 500 0
Cluster Correction.
to Split and Merge.
1_ClusterCorrection_Split.py 40 2
2_ClusterCorrection_Merge.py 40
Get contig by cluster.
20181029_0811

我现在想将MyCC.py生成的文件保存到主机。
读完Copying files from Docker container to host之后，我尝试了

sudo docker cp 642ef90103be:/opt /home/mathed/data

但是我收到一条错误消息

mkdir /home/mathed/data/opt: permission denied

是否可以将生成的文件保存到目录/ home / mathed / data？
谢谢。

Answer 1

我认为您的目标路径不存在。 official documentation统计表明，在这种情况下：

var user = firebase.auth().currentUser

因此，它正在尝试从DEST_PATH ...创建目录，而docker必须具有这样做的权限。根据DEST_PATH当前目录的所有者，您可能必须

首先创建目录，以便不会由docker创建该目录，并使用sudo chown {user}：{folder} 赋予它正确的权限（看起来它没有这样做的权限）。 + chmod + x {文件夹}
将权限更改为父级现有目录（再次为 chown + chmod ），
切换到允许docker写入的路径。

如何获取由docker生成的文件运行到主机

1 个答案: