Question

我有多个文件名为./bin.1.fa，./bin.2.fa，...。
我想编辑这些文件，然后将结果与for循环连接。
我尝试过的代码是：

for file in Metabat/bins.*.fa; 
do
stub=${file%.fa}
stub2=${file#Metabat\/bins.}
grep '^>' $file | cut -c 2- | sed "s/$/$stub2/" 
done

（我选择了以>开头的行，然后剪切出第一个字符>，然后在末尾连接1）
我想使用>>进行连接，但是我该怎么做呢？谢谢。

Answer 1

有关：

A=1; for file in  Metabat/bins.*.fa; do grep '^>' $file | cut -c 2- | sed "s/$/$A/"; let A=$A+1; done > concatenated_file

Answer 2

由于@OznOg，我有了一个主意，将代码分为两步。

for file in Metabat/bins.*.fa;  do stub=${file%.fa}; stub2=${stub#Metabat\/bins.}; grep '^>' $file | cut -c 2- | sed "s/$/,$stub2/" > Metabat/edit_$stub2 ; done

然后我放

cat Metabat/edit* > Metabat/edit0

如何串联由for循环创建的多个文件

2 个答案: