Question

我有一个需要分析的输入文件（这是一个包含4帧的轨迹文件），并且每个帧都包含一个for循环，并创建一个临时文件，然后进行计算。计算结果和来自输入文件的一些信息将被写入输出文件。这是我的代码。 “溶剂”和“引用”是包含数字的列表的名称。这些列表的内容在out文件中是必需的。

with open(infile, 'rb') as fi:
    with open(outfile,'a') as fj:
        fj.write('C, O, C-O distance, q, hbond')
        fj.write('\n')
        for frame in range(fr+1):
            fj.write(str(frame))
            fj.write('\n')
            chunk = list(islice(fi, nlines))
            #writes the snapshot's coordinate in a temporary file 'frame.gro'
            with open('frame.gro', 'w') as out:
                for line in chunk:
                    out.write(line)
            with open("frame.gro", 'r') as f:
                o = np.genfromtxt("frame.gro", dtype=None, skip_header=2, usecols=(0,1,3,4,5), max_rows=atoms) #this is line 182
                # obtain info, then do calcs ...
            for n in range(len(solvent)):
                for i in range(len(refpts)):
                    #calcs, add items to lists, etc
                    fj.write(str(refpts[i]))
            # ...rest of the code

一切正常，直到我添加了包含“ fj”的每一行。发生此错误：

回溯（最近通话最近）：文件“ script.py”，第182行，在 o = np.genfromtxt（“ frame.gro”，dtype = None，skip_header = 2，usecols =（0,1,3,4,5），max_rows = atoms） genfromtxt中的文件“ /usr/local/lib/python2.7/dist-packages/numpy/lib/npyio.py”，行1707 下一个（fhd） StopIteration

我该怎么办？

编辑：更改标题中的一个词编辑＃2：包含错误的实际行

Answer 1

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        with open("frame.gro", 'r') as f:
            o = np.genfromtxt("frame.gro", dtype=None, skip_header=2, usecols=(0,1,3,4,5), max_rows=atoms) #this is line 182
            # obtain info, then do calcs ...

为什么您打开frame.gro，但不使用打开的文件？ genfromtxt行使用文件名，而不使用f。我不知道该多余的开口是否会导致错误，但这确实暗示了一些草率的思考和/或测试。

如果我尝试将genfromtxt应用于行太少的文件，而对skip太少的文件，则会出现StopIteration错误。错误行号不同，但这可能是因为我使用的是其他Py3 numpy。

您需要检查新编写的frame.gro并确保其符合genfromtxt中的假设-大小，内容等。

在genfromtxt next（fhd）中，添加新的“带有打开的文件”行时StopIteration错误

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