Question

我有一个从fasta文件读取的文本，我试图读取Perl中的登录号。但是我没有得到输出。这是代码：

use strict;
use warnings;

sub main {

    my $file = "PXXXXX.fasta";

    if(!open(FASTA, $file)) {
        die "Could not find $file\n";
    }
    my $myLine = <FASTA>;
    my $pat = "|";
    my @Num = $myLine =~ /$pat(.*?)$pat/;
    print($Num[0]);
    close(FASTA);

}

main();

FASTA文件句柄的内容为：

sp | P27455 | MOMP_CHLPN主要外膜孔蛋白OS =肺炎衣原体OX = 83558 GN = ompA PE = 2 SV = 1 MKKLLKSALLSAAFAGSVGSLQALPVGNPSDPSLLIDGTIWEGAAGDPCDPCATWCDAIS LRAGFYGDYVFDRILKVDAPKTFSMGAKPTGSAAANYTTAVDRPNPAYNKHLHDAEWFTN AGFIALNIWDRFDVFCTLGASNGYIRGNSTAFNLVGLFGVKGTTVNANELPNVSLSNGVV ELYTDTSFSWSVGARGALWECGCATLGAEFQYAQSKPKVEELNVICNVSQFSVNKPKGYK GVAFPLPTDAGVATATGTKSATINYHEWQVGASLSYRLNSLVPYIGVQWSRATFDADNIR IAQPKLPTAVLNLTAWNPSLLGNATALSTTDSFSDFMQIVSCQINKFKSRKACGVTVGAT LVDADKWSLTAEARLINERAAHVSGQFRF

任何提示如何修复代码以返回： P27455 吗？

Answer 1

管道|在正则表达式中具有特殊含义。您需要逃脱它。最简单的方法是使用\Q和\E。

$myLine =~ /\Q$pat\E(.*?)\Q$pat\E/;

或者您可以使用quotemeta built-in。

my $pat = quotemeta "|";
my @Num = $myLine =~ /$pat(.*?)$pat/; # or use [^$pat]+

您也可以不使用正则表达式搜索，而只需split行即可。如果您始终想要第二列，那么效果也一样。

my (undef, $num) = split /\|/, $line;

Answer 2

好像您正在尝试在|字符上拆分行，因此请使用split函数。

my @Num = split /\|/, $myLine;

这将在|上拆分$ myLine。请注意，您可能必须更改@Num上的索引才能获取正确的项目。

无法匹配|之间的字符串在Perl

2 个答案: