如何正确声明图例？

Question

我试图绘制系统发育树，但是每次尝试绘制它时，都会引发以下错误：

Error in as.graphicsAnnot(legend) : argument "legend" is missing, with no default

这是MWE：

library(ape)
library(phangorn)
tr <- read.tree(text = "(((L2,L3),L4),L1);") 
df <- data.frame(L1 = c(0,0,1,0,0,0,1,1,1,1,0,0,0,0,1), L2 = 
c(0,1,1,0,1,1,0,1,1,0,1,1,0,1,1),L3 = c(1,1,1,0,0,0,1,1,1,0,0,0,1,1,1),     
L4=c(0,0,1,1,0,0,0,0,1,1,0,0,0,0,1)) 
phydat <- as.phyDat(df,type="USER",levels=c(1,0),names=names(df))
anc.tree <- pratchet(phydat) #ratchet search
anc.tree <- optim.parsimony(anc.tree,phydat) #NNI optimization
anc.tree <-root(anc.tree,outgroup = "L1", resolve.root = TRUE) #roots the tree
anc.tree <- acctran(anc.tree,phydat) #adds branch lengths
anc.acctran <- ancestral.pars(anc.tree,phydat, "ACCTRAN")

以下对plotAnc()的调用引发了关于遗漏图例的上述错误：

plotAnc(anc.tree,anc.acctran,1) 

我尝试在plotAnc()之前调用以下函数：

legend("bottomright", "foo") 

我仍然收到有关图例的错误消息。我在做什么错了？

Answer 1

realm-android-adapters 3.0.0

当然，您的代码中确实存在错误（上述）。     tr <-read.tree（text =“（（（L2，L3），L4），L1））” 我不确定“;”字符，是否使用此字符来指定根。

我敢肯定，使用“无花果树”进行绘制并使用R进行数字运算会更容易。