如何在R上使用躲避的geom_boxplot为每个构面注释不同的值？

Question

我正在尝试使用组（填充）和构面在ggplot箱图中添加显着性星号。

使用geom_signif()，我可以添加如下条形图：

我也尝试对躲避的箱形图进行同样的操作。类似于

（假设在较小的线条上方有显着性值...）

前一个图形的代码：

数据：

library(ggplot2)
library(ggsignif)
df <- data.frame(iris,petal.colour=c("red","blue"), country=c("UK","France","France"))

第一个情节：

     ggplot(df, aes(country,Sepal.Length))+
geom_boxplot(position="dodge",aes(fill=petal.colour))+
      facet_wrap(~Species, ncol=3)+
      geom_signif(comparisons = list(c("France", "UK")), map_signif_level=TRUE,
                  tip_length=0,y_position = 9, textsize = 4)

以及较小的条形图

+geom_signif(annotations = c("", ""),
              y_position = 8.5, 
            xmin=c(0.75,1.75), xmax=c(1.25,2.25),tip_length=0)

最好让R来工作，但是如果在这些较小的行上手动添加文本更容易，那么我就可以了。

Answer 1

也许您可以将图另存为.pdf文件，并尝试使用Adobe Illustrator手动将所需的内容添加到图中，R图的最大优点是它与Adobe Illustrator的完美兼容性。

或者也许您可以尝试设置

table-layout

在geom_signif中

希望有帮助

Answer 2

我不知道如何使用geom_signif让他们在该小组工作。有关我的尝试，请参见第一部分。我能够使用ggpubr和stat_compare_means来使它正常工作，我相信这是geom_signif的扩展。

ggplot(df, aes(country,Sepal.Length)) +
  geom_boxplot(position="dodge",aes(fill=petal.colour)) +
  facet_wrap(~Species, ncol=3) +
  geom_signif(comparisons = list(c("France", "UK")), map_signif_level=TRUE,
              tip_length=0,y_position = 9, textsize = 4) + 
  geom_signif(y_position = 8.5, 
              xmin=c(0.75,1.75), xmax=c(1.25,2.25), tip_length=0, map_signif_level = c("***" = 0.001, "**" = 0.01, "*" = 0.05)) 

Warning messages:
1: In wilcox.test.default(c(4.9, 4.7, 5, 5.4, 5, 4.4, 5.4, 4.8, 4.3,  :
  cannot compute exact p-value with ties
2: In wilcox.test.default(c(7, 6.9, 5.5, 5.7, 6.3, 6.6, 5.2, 5.9, 6,  :
  cannot compute exact p-value with ties
3: In wilcox.test.default(c(6.3, 5.8, 6.3, 6.5, 4.9, 7.3, 7.2, 6.5,  :
  cannot compute exact p-value with ties
4: Computation failed in `stat_signif()`:
arguments imply differing number of rows: 6, 0 
5: Computation failed in `stat_signif()`:
arguments imply differing number of rows: 6, 0 
6: Computation failed in `stat_signif()`:
arguments imply differing number of rows: 6, 0 

使用ggpubr和stat_compare_means。请注意，您可以使用不同的标签和测试等。请参见?stat_compare_means。

library(ggpubr)
ggplot(df, aes(country,Sepal.Length)) +
  geom_boxplot(position="dodge",aes(fill=petal.colour)) +
  facet_wrap(~Species, ncol=3) +
  stat_compare_means(aes(group = country), label = "p.signif", label.y = 10, label.x = 1.5) +
  stat_compare_means(aes(group = petal.colour), label = "p.format", label.y = 8.5)