Question

我想绘制象棋盘一样的图的邻接矩阵（黑色表示1s，白色表示0s，反之亦然）

Bus

使用以下代码：

     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,]    0    0    0    0    0
[2,]    1    0    0    0    0
[3,]    1    0    0    0    0
[4,]    1    0    0    0    0
[5,]    1    0    0    0    0

我得到以下输出：

为什么？

Answer 1

以下代码应返回您要查找的内容：

mm %>% 
  melt() %>% 
  ggplot(aes(Var2, Var1)) + 
  geom_tile(aes(fill = value, 
                color = value)) + 
  coord_equal() + 
  scale_fill_manual(values = c("TRUE" = "black", "FALSE" = "white")) + 
  scale_color_manual(values = c("TRUE" = "white", "FALSE" = "black")) + 
  theme_bw() +
  theme(axis.title = element_blank(),
        axis.text = element_blank(),
        axis.ticks = element_blank(),
        panel.grid = element_blank()) +
  guides(fill = FALSE, color = FALSE) +
  scale_y_reverse()

说明：

通常将scale_XX_manual与命名向量一起使用，以确保映射正确的值更为安全；
默认情况下，图的原点位于左下角，而不是左上角。如果要从顶部开始，请反转y轴。

旁注：将来，可以通过省略与外观相关的代码，直到完成对图的更重要方面的调整来将此类问题最小化。如果您将坐标轴和图例标签留在图中，则可能更容易发现上述问题：

mm %>% 
  melt() %>% 
  ggplot(aes(Var2, Var1)) + 
  geom_tile(aes(fill = value, 
                color = value)) + 
  coord_equal() + 
  scale_fill_manual(values = c("black", "white")) + 
  scale_color_manual(values = c("white", "black")) +
  theme_bw() #+
  # theme(axis.title = element_blank(),
  #       axis.text = element_blank(),
  #       axis.ticks = element_blank(),
  #       panel.grid = element_blank()) + 
  # guides(fill = FALSE, color = FALSE) + 
  # scale_x_discrete(expand = c(0,0)) + 
  # scale_y_discrete(expand = c(0,0))

Answer 2

首先，矩阵索引和直角坐标不同。我制作一个像这样的矩阵：

> x <- matrix(c(1, rep(0, 8)), 3, 3)

     [,1] [,2] [,3]
[1,]    1    0    0
[2,]    0    0    0
[3,]    0    0    0

您可以看到索引[1, 1]是1。它位于矩阵的左上方。但是，当我用image()绘制矩阵时，值1位于左侧的按钮中：

这是因为矩阵索引系统的[1, 1]和直角坐标系统的(1, 1)不在同一位置。

要从矩阵索引转换为直角坐标，可以尝试：

y <- t(x)[ , ncol(x):1]
image(y)

您成功将矩阵呈现给具有相同位置的热图。

因此，使用您的数据，可以先将其转换为直角坐标并绘制：

mm2 <- t(mm)[ , ncol(mm):1]

mm2 %>% 
  melt() %>% 
  ggplot(aes(Var1, Var2)) + # Don't exchange Var1 and Var2 here
  geom_tile(aes(fill = value, 
                color = value)) + 
  coord_equal() + 
  scale_fill_manual(values = c("TRUE" = "black", "FALSE" = "white")) + 
  scale_color_manual(values = c("TRUE" = "white", "FALSE" = "black")) + 
  theme_bw()

绘制邻接矩阵时定位不正确-R ggplot

2 个答案: