Question

我的文件名如下：

fastqs/hgmm_100_S1_L001_R1_001.fastq.gz
fastqs/hgmm_100_S1_L002_R1_001.fastq.gz
fastqs/hgmm_100_S1_L003_R1_001.fastq.gz

fastqs/hgmm_100_S1_L001_R2_001.fastq.gz
fastqs/hgmm_100_S1_L002_R2_001.fastq.gz
fastqs/hgmm_100_S1_L003_R2_001.fastq.gz

我想将它们合并到上面显示的组中，以允许合并LXXX。

我可以像下面这样：

cat fastqs/hgmm_100_S1_L00?_R1_001.fastq.gz > data/hgmm_100_S1_R1_001.fastq.gz
cat fastqs/hgmm_100_S1_L00?_R2_001.fastq.gz > data/hgmm_100_S1_R2_001.fastq.gz

但是，这需要我对每个文件组进行硬编码。如何设置它，以便将所有L值合并到一个组中，并输出与输入文件名相同的文件，没有L？

谢谢，杰克

编辑：

很抱歉没有在原始帖子中包含此内容，但是如果我有类似的内容怎么办？

fastqs/hgmm_100_S1_L001_R1_001.fastq.gz
fastqs/hgmm_100_S1_L002_R1_001.fastq.gz
fastqs/hgmm_100_S1_L003_R1_001.fastq.gz

fastqs/hgmm_200_S1_L001_R2_001.fastq.gz
fastqs/hgmm_200_S1_L002_R2_001.fastq.gz
fastqs/hgmm_200_S1_L003_R2_001.fastq.gz

（只有变化才是开始（100-> 200）

这将如何工作？从本质上讲，我希望合并这些文件，只要名称的所有部分（L除外）即可？是相同的。

Answer 1

如果模式_L###_仅存在于文件名的那一部分，则可以尝试如下操作：

#!/usr/bin/env bash

# Define an associative array. Requires bash 4+
declare -A a

# Use extended glob notation. Read the man page or this.
shopt -s extglob

# Collect the file patterns by writing indexes in the array.
for f in fastqs/*_L+([0-9])_*.fastq.gz; do
  a["${f/_L+([0-9])_/_*_}"]=1
done

# And finally, gather your files.
for f in "${!a[@]}"; do
  # Strip any existing directory part of the filename to build our target
  target="data/${f##*/}"
  # Concatenate files matching the glob into our intended target
  cat $f > "${target/[*]_/}"
done

我们使用模式替换将每个文件规范的可变部分转换为glob。
我们使用关联数组的索引，因为这样可以轻松保留唯一列表。
${!让我们逐步遍历数组的索引，而不是其值。

Answer 2

您可以即时进行分组。遍历所有文件，并将它们附加到其分组文件中。 *和?以有序方式扩展，因此顺序应正确。

cd fastqs
for f in *_L???_*fastq.gz; do
    cat "$f" >> "../data/${f/_L???_/_}"
done
cd ..

由于总是附加文件，因此您应先清除data/目录，然后再运行此命令。

合并文件夹中具有相同文件名（除了一个字符）的文件

2 个答案: