Question

我喜欢在R代码中调用OS命令（在Linux中运行shell文件），并一起发送在R代码中获得的参数。例如，MyRcode.R将进行一些计算并获得向量输出。然后，MyRcode.R将使用for循环运行shell文件并发送向量中的每个元素。这是一个简单的代码示例。

[MyRcode.R]

############################################
### Some calculation to get myVector  ######
                   .
                   .
############################################

print(myVector)  # [1]  3  5   7
for (argument in myVector) {
    system("./Shell_RunCalculations.sh argument")
}

[Shell_RunCalculations.sh]

#!/bin/bash

module load R/3.5.1-gcc5.2.0

echo "argument: " $1 

Rscript --vanilla RunCalculation.R $1

[RunCalculation.R]

### This is very complex calculation which should run in Supercomputer.

首先，我希望在shell文件中打印

argument: 3
argument: 5
argument: 7

但是，它已打印出

argument: argument
argument: argument
argument: argument

我认为我在R代码的'system'函数中做错了。 如何调用OS命令并一起发送参数？

我测试此的原因是因为我想在MyRcode.R中获取myVector，然后提交slurm作业并将myVector元素作为参数发送。 Slurm作业将使用接收到的参数在超级计算机集群（并行运行）中运行另一个R代码。

谢谢

Answer 1

您可以使用

system2()或
system()和paste()

从R执行shell命令。在下面的示例中，从R使用字符串参数调用shell命令echo。

arg <- "I am an R argument."
system2("echo", arg)
I am an R argument.

或

system(paste("echo", arg))
I am an R argument.

如何调用以R中的参数调用OS命令（shell文件）

1 个答案: