R闪亮的内存泄漏-有关如何查找的建议?

时间:2018-10-17 23:17:02

标签: r memory-leaks shiny

我正在寻找有关如何在R的闪亮程序中识别内存泄漏的一般想法。我正在努力确定泄漏的确切来源,因此很难重新创建,并且我的代码已超过1000线。我确定它与观察和观察事件有关,但是我无法确切指出。我实际上很喜欢bborgeser在这里提出的想法,使用的是reactlog选项:https://github.com/rstudio/shiny/issues/1591但是,当我尝试这样做时,showReactLog()将不会加载。我猜我的代码太大了。

所以我的主要问题是,识别内存泄漏的最佳方法是什么?我使用pryr包来跟踪每次提交后使用的内存。所以我可以说内存正在增加。我发现了其他几篇有关内存泄漏的文章,但它们更多地是要解决的特定问题,而不是一般性的问题:https://github.com/rstudio/shiny/issues/931

由于有些人可以更好地看到一些实际的代码,所以我尽力使它更简洁地重新创建。这将使其增加约0.3 mb。也许与在列表中使用列表有关?我已经玩了好几周了,但并没有取得任何进展。

在这段代码中,我知道内存泄漏肯定是在响应式/观察式中。如果我阻止这些,则内存不会增加。但我确定您可以使用反应式观察并无需增加内存。因此,这使我回到了最初的问题,在本例中,我是通过缓慢地遮挡各个部分来找到它的,但是即使我在较大的代码上尝试使用它,也无法真正确定它来自哪个部分。那么人们如何去发现他们的泄漏?

    #Library Load##########################################################################################
lapply(c("shiny","tidyverse","shinydashboard","shinyjs","pryr"),require,character.only = T)
#ui, shiny body#########################################################################################
body<-dashboardBody(
  useShinyjs(),
            ({
              tabs<-lapply(1:length(1:8), function(x){
                tabPanel(box(title = paste0('Tab ',x),  width = NULL),
                fluidPage(
                  div(id = paste0("BOX_",x),
                      column(width = 6, align = "center",
                          lapply(seq(1,15,2),function(y){
                              div(id = paste0("Box_ID_",x,"_",y),
                                  box(width = NULL, title = paste0("Reading",((y/2)+.5)),
                                      column(width = 4,
                                             numericInput(paste0("Number_",x,"_",y), label = paste0("Number - ",y), value = 0, min = 0, max = 60, step = .1)),
                                      column(width = 4,
                                             numericInput(paste0("Number_",x,"_",y+1), label = paste0("Number - ",y+1), value = 0, min = 0, max = 60, step = .1))))
                          })),
                      column(width = 2, align = "center",
                                 actionButton(paste0("Complete_",x),"Complete"))
                  )))
              }) 
              do.call(tabBox, c(tabs, list(width = NULL)))
            }))
##UI combination###################
ui<-dashboardPage(
  dashboardHeader(disable = T),
  dashboardSidebar(disable = T),
  body)
#######Server################
server <- function(input, output, session) {
  #Tab 1 - Reactive Average
  Avg<-reactive({
    lapply(1:8, function(x) {
      lapply(seq(1,15,2),function(y){
        req(input[[paste0("Number_",x,"_",y)]],input[[paste0("Number_",x,"_",y+1)]])
        if(input[[paste0("Number_",x,"_",y)]] == 0 | input[[paste0("Number_",x,"_",y+1)]] == 0) {0} else {
          (input[[paste0("Number_",x,"_",y)]]+input[[paste0("Number_",x,"_",y+1)]])/2}
      })
    })
  })

  #Tab 1 - Show or hide boxes
  lapply(1:8, function(x) {
    lapply(seq(1,15,2),function(y){
      observe({
        req(input[[paste0("Number_",x,"_",y)]],input[[paste0("Number_",x,"_",y+1)]])
        if(y == 1 & Avg()[[x]][[(y/2)+.5]] <= 30) {
          shinyjs::show(paste0("Box_ID_",x,"_",1))
          shinyjs::hide(paste0("Box_ID_",x,"_",3))
        } else if(y == 1 & Avg()[[x]][[(y/2)+.5]] > 30) {
          shinyjs::show(paste0("Box_ID_",x,"_",1))
          shinyjs::show(paste0("Box_ID_",x,"_",3))
        } else if(Avg()[[x]][[(y/2)+.5]] > 30) {
          shinyjs::show(paste0("Box_ID_",x,"_",y+2))
        } else {shinyjs::hide(paste0("Box_ID_",x,"_",y+2))}
      })
    })
  })

  #Tab 1 - Submit Button - Reset boxes, create data frame and append to file. 
  lapply(1:8,function(x){
    observeEvent(input[[paste0("Complete_",x)]],{
     #Reset the page
      reset(paste0("BOX_",x))
      #Garabage collect
      gc()
      #Print memory used. Tracking memory leaks
      print(mem_used())
    })
  })
}
shinyApp(ui, server)

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