Question

我正在按照开发人员提供的源安装说明，尝试在Ubuntu 16.04上运行生物成像分析软件包“ cell profiler”：

https://github.com/CellProfiler/CellProfiler/wiki/Source-installation-(Ubuntu-16.04-LTS)

但是，当我尝试从终端运行cellprofiler时，遇到以下错误代码，这似乎在告诉我matplotlib的版本冲突。 Cell Profiler似乎正在使用python2.7运行，而不是也在该计算机上设置的python3.6运行，所以这可能是问题的根源吗？

完整的错误消息：

Traceback (most recent call last):
  File "/usr/local/bin/cellprofiler", line 6, in <module>
    from pkg_resources import load_entry_point
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/pkg_resources/__init__.py", line 3112, in <module>
    @_call_aside
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/pkg_resources/__init__.py", line 3096, in _call_aside
    f(*args, **kwargs)
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/pkg_resources/__init__.py", line 3125, in _initialize_master_working_set
    working_set = WorkingSet._build_master()
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/pkg_resources/__init__.py", line 580, in _build_master
    return cls._build_from_requirements(__requires__)
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/pkg_resources/__init__.py", line 593, in _build_from_requirements
    dists = ws.resolve(reqs, Environment())
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/pkg_resources/__init__.py", line 786, in resolve
    raise VersionConflict(dist, req).with_context(dependent_req)
pkg_resources.ContextualVersionConflict: (matplotlib 1.5.1 (/usr/lib/python2.7/dist-packages), Requirement.parse('matplotlib>=2.0.0'), set(['scikit-image']))

Answer 1

它表示您要安装的库至少需要2.0.0版时，您的matplotlib是1.5.1版。尝试pip install -U matplotlib

Answer 2

据我所知，Cellprofiler仍在使用Python 2.7。他们将过渡到最新版本（CP 4.0）的Python 3。因此，目前您无法使用python 3

运行它

Answer 3

如Anja CellProfiler所述，需要Python 2.7。在运行Python 3.6的Ubuntu 18.04计算机上安装CellProfiler时，我使用Python 2.7为CellProfiler创建了一个虚拟环境并将所有必需的软件包安装到该环境中。

您可以在此处找到有关如何执行此操作的详细说明： https://github.com/CellProfiler/CellProfiler/wiki/Conda-Installation

通过这种方法，您可以通过虚拟环境在Python 2.7中运行CellProfiler，同时仍然可以像以前一样将Python 3.6用于其他应用程序/项目。

cellprofiler安装将无法运行-版本冲突

3 个答案: