Question

我有这个文件：

NC_003037.1     453555  454448
NC_007493.2     2279220 2278345
NC_007952.1     1763831 1762950
NC_005791.1     844089  844916

我想遍历每一行以获得变量“ id”，“ column1”，“ column2”，我将在此命令中使用该变量：

efetch -db nuccore -id $id -chr_start $column1 -chr_stop $column2 -format fasta > file.txt

您能在Shell脚本中为我提供一种方法吗？

Answer 1

看到多列时，请考虑awk。

rm -f file.txt ; cat inputfile.txt | \
awk '{ print "efetch -db nuccore -id "$1" -chr_start "$2" -chr_stop "$3" -format fasta" }' | \
while read cmd; do $cmd >> file.txt; done

（编辑：将重定向移动到执行中）

awk组成命令，然后while read cmd ...; done执行它。

Answer 2

使用read循环：

while read -r id column1 column2; do
  efetch -db nuccore -id "$id" -chr_start "$column1" -chr_stop "$column2" -format fasta
done < file.input > file.txt

重要的是在变量扩展名前后使用双引号，以防止单词分裂和混乱
在循环结束时放入> file.txt，以提高I / O效率

将列分配给外壳中的变量

2 个答案: