Question

我正在使用John Baumgrtner的gdal_polygonizeR（https://johnbaumgartner.wordpress.com/2012/07/26/getting-rasters-into-shape-from-r/）将栅格隐蔽到R中的多边形。-尝试了raster pkg rasterToPolygons函数，它花了很多时间； gdal_polygonizeR更快。无论如何，我都有一个要转换为多边形的533个栅格文件（不同范围）的列表。 gdal_polygonizeR函数在调用单个列表元素时有效，但是我尝试使用lapply在所有列表元素上使用它并获得错误消息。参见下面的代码：

#path to folder containing all .tif raster files
dir <- "/path/to/raster/files"

#create a list of the files in the folder
files <- list.files(path = dir, pattern = ".tif$")

#use lapply to import/create list of all files in folder
rasterl_50 <- lapply(paste0(dir, files), raster)

#test gdal_polygonizeR function on single list element
gdal_polygonizeR(rasterl_50[[1]])     #works properly

#loop thru all elements in list
lapply(rasterl_50, gdal_polygonizeR)

输出=前六（6）个元素似乎运行正常，但在[[7]]处出现以下错误消息：

wfp1 <-gdal_polygonizeR（rasterl_50 [[1]]）创建格式为ESRI Shapefile的输出/var/folders/s9/pm92gdl94h18k4n6026cb8x00000gn/T//RtmpvRRvA4/file23d4dc99d8d.shp。 0 ... 10 ... 20 ... 30 ... 40 ... 50 ... 60 ... 70 ... 80 ... 90 ... 100-完成 wfp2 <-gdal_polygonizeR（rasterl_50 [[2]]）创建格式为ESRI Shapefile的输出/var/folders/s9/pm92gdl94h18k4n6026cb8x00000gn/T//RtmpvRRvA4/file23d7698a853.shp。 0 ... 10 ... 20 ... 30 ... 40 ... 50 ... 60 ... 70 ... 80 ... 90 ... 100-完成 wfp3 <-gdal_polygonizeR（rasterl_50 [[3]]）创建格式为ESRI Shapefile的输出/var/folders/s9/pm92gdl94h18k4n6026cb8x00000gn/T//RtmpvRRvA4/file23d30d4d703.shp。 0 ... 10 ... 20 ... 30 ... 40 ... 50 ... 60 ... 70 ... 80 ... 90 ... 100-完成 wfp4 <-gdal_polygonizeR（rasterl_50 [[4]]）创建格式为ESRI Shapefile的输出/var/folders/s9/pm92gdl94h18k4n6026cb8x00000gn/T//RtmpvRRvA4/file23d24036d07.shp。 0 ... 10 ... 20 ... 30 ... 40 ... 50 ... 60 ... 70 ... 80 ... 90 ... 100-完成 wfp5 <-gdal_polygonizeR（rasterl_50 [[5]]）创建格式为ESRI Shapefile的输出/var/folders/s9/pm92gdl94h18k4n6026cb8x00000gn/T//RtmpvRRvA4/file23d4683ed87.shp。 0 ... 10 ... 20 ... 30 ... 40 ... 50 ... 60 ... 70 ... 80 ... 90 ... 100-完成 wfp6 <-gdal_polygonizeR（rasterl_50 [[6]]）创建格式为ESRI Shapefile的输出/var/folders/s9/pm92gdl94h18k4n6026cb8x00000gn/T//RtmpvRRvA4/file23d4e23b4d1.shp。 0 ... 10 ... 20 ... 30 ... 40 ... 50 ... 60 ... 70 ... 80 ... 90 ... 100-完成 wfp7 <-gdal_polygonizeR（rasterl_50 [[7]]）创建格式为ESRI Shapefile的输出/var/folders/s9/pm92gdl94h18k4n6026cb8x00000gn/T//RtmpvRRvA4/file23d6791d108.shp。 0 ... 10 ... 20 ... 30 ... 40 ... 50 ... 60 ... 70 ... 80 ... 90 ... 100-完成 readOGR（dirname（outshape），layer = basename（outshape），verbose =！quiet）中的错误：找不到功能另外：警告消息：在ogrFIDs（dsn = dsn，layer = layer）中：显示回溯

使用调试重新运行 readOGR（dirname（outshape），layer = basename（outshape），verbose =！quiet）中的错误：找不到功能

＃

如果有人对使用lapply或for循环等的解决方案有想法，请答复。谢谢

Answer 1

解决方案：我必须在每个单独的列表元素上运行distances, indices = model_knn.kneighbors( test_df.loc[query_index,:].values.reshape(1, -1), return_distance=True )，发现列表中的几个栅格文件不包含任何值（这是由于gdal_polygonizeR函数先前应用于栅格）的结果。我从列表中删除了这些文件，reclassify正常运行。这是代码：

lapply

更新：更好的做法是，首先删除所有NA的栅格：

#remove 'no value' elements from the list
new_rastlist <- 
rasterlist[c(-7,-14,-36,-89,-191,-310,-432,-436,-476,-493,-494,-501)]

#then try again to use lapply
polyl <- lapply(rastlist, gdal_polygonizeR)

套用gdal_polygonizeR将栅格转换为多边形

＃

1 个答案: