关于R中的factoextra软件包的问题

时间:2018-10-16 13:18:18

标签: r ggplot2 pca

我正在对某些数据执行PCA,并且正在使用CRAN的factoextra软件包。该软件包为用户提供了许多选项,可在您的数据上创建有关PCA的图形。但是,我对他们在page herehere上给出的一些示例有一些疑问。

  1. 在第三个超链接中指出:请注意,fviz_pca_xxx()函数是核心函数fviz()的包装器,也是ggscatter()函数的包装器(在ggpubr中)。因此,可以在fviz_pca_ind()和fviz_pca_var()中指定要传递给函数fviz()和ggscatter()的其他参数。我试图添加其他ggplot参数,例如title('Title'),但是收到无效图形状态的警告消息。如何添加基本ggplot图来操纵我的fviz_pca_ind图?

代码:

library(factoextra)
data(iris)
res.pca <- prcomp(iris[, -5],  scale = TRUE)
fviz_pca_ind(res.pca,
             geom="text",
             #col.var="contrib",
             col.ind = "dodgerblue2",
             repel = FALSE)+     # Avoid text overlapping
 title('Principal Component Analysis')+
 theme(
    panel.background = element_rect(fill = "transparent",colour = NA),
    plot.margin = unit(c(0.1,0.1,0.1,0.1), "cm"),
    plot.title = element_text(size = 14, hjust = 0.5, vjust = 1),
    plot.background = element_rect(fill = "transparent", colour = NA)
  )
  1. iris数据库不同,我的数据没有标签。有人可以解释为变量或个人着色的作用吗?但是我的问题是,对什么有所贡献?我们如何在贡献上为个人着色?

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