我在Centos7系统上使用singularity，但在无法理解的类似许可问题上却封锁了。
（这是我自己制作的可在Ubuntu系统上完美运行的离心机/离心机容器）
singularity exec /HOMEPATH/Singularity/centrifuge_recentrifuge.simg centrifuge -x /HOMEPATH/Centrifuge/bacteria-database-centrifuge -1 /HOMEPATH/work_directory/centrifuge_recentrifuge/reads/TTOTO_R1_001.fastq.gz -2 /HOMEPATH/work_directory/centrifuge_recentrifuge/reads/TOTO_R2_001.fastq.gz -S /HOMEPATH/work_directory/centrifuge_recentrifuge/classification_result --report-file /HOMEPATH/work_directory/centrifuge_recentrifuge/classification_summary
Error: Could not open alignment output file /HOMEPATH/work_directory/centrifuge_recentrifuge/classification_result
Error: Encountered internal Centrifuge exception (#1)
Command: /usr/local/bin/centrifuge-class --wrapper basic-0 -x /HOMEPATH/Centrifuge/bacteria-database-centrifuge -S /HOMEPATH/work_directory/centrifuge_recentrifuge/classification_result --report-file /HOMEPATH/work_directory/centrifuge_recentrifuge/classification_summary -1 /tmp/229778.inpipe1 -2 /tmp/229778.inpipe2
(ERR): centrifuge-class exited with value 1
似乎奇异性不能写tmp文件或写classification_result文件，也不能两者都写：/
ls -Z /HOMEPATH/work_directory/centrifuge_recentrifuge/
drwxr-xr-x. root root system_u:object_r:httpd_sys_content_t:s0 reads
ls -Z /HOMEPATH/work_directory/centrifuge_recentrifuge/reads/
-rw-r--r--. root root system_u:object_r:httpd_sys_content_t:s0 TOTO_R1_001.fastq.gz
-rw-r--r--. root root system_u:object_r:httpd_sys_content_t:s0 TOTO_R2_001.fastq.gz
ls -Z centrifuge_recentrifuge
drwxr-xr-x. apache apache system_u:object_r:httpd_sys_content_t:s0 reads
ls -Z centrifuge_recentrifuge/reads/
-rw-r--r--. apache apache system_u:object_r:httpd_sys_content_t:s0 TOTO_R1_001.fastq.gz
-rw-r--r--. apache apache system_u:object_r:httpd_sys_content_t:s0 TOTO_R2_001.fastq.gz
错误仍然相同...
我在tmp文件夹上制作了一个sudo chown -R apache:apache /tmp，但没有生效：/
答案 0 :(得分：1)
ls -Z /HOMEPATH/work_directory/centrifuge_recentrifuge/
drwxr-xr-x. root root system_u:object_r:httpd_sys_content_t:s0 reads
这表示centrifuge_recentrifuge目录的唯一所有者有权在该目录中创建项目，该目录的所有者为用户root。因此，只有root可以在该目录中创建项目。
大概您在以singularity登录时没有运行root程序，这就是为什么该程序无法创建classification_result文件的原因。如果可以做到的话，它也将无法创建classification_summary文件。
我不知道您是否有特殊的理由将这个目录归root所有。如果这样做，则该程序能够创建这些文件的唯一方法是以root用户身份运行该文件。当然，使用root帐户进行系统管理以外的其他操作通常是一个坏主意。
通常的方法是将HOMEPATH目录及其下面的所有内容归创建该特定root的个人（非HOMEPATH）用户所有。在此模型中，该个人用户将是centrifuge_recentrifuge目录的所有者，因此，如果以该用户身份登录后运行singularity程序，它将能够在该目录中创建所需的任何文件。
要从现在的状态开始，要更改HOMEPATH的所有权及其下的所有内容，可以以root身份登录（或使用sudo），然后运行：
chown -R myuser /HOMEPATH
其中myuser是以HOMEPATH作为其主目录的帐户的用户名。
这足以让程序运行。但是，为了完整起见，您还应该更改HOMEPATH的组所有权及其下的所有内容，以匹配单个用户的组。为此，请运行：
chown -R myuser:mygroup /HOMEPATH
其中mygroup是包含用户myuser的组。如果您不知道该组名应该是什么，请以myuser登录并运行id -ng命令。组名通常与用户名相同，因此，如果该id命令的结果与myuser相同，请不要感到惊讶。在某些系统上，您可以运行：
chown -R myuser: /HOMEPATH
，在:之后只有一个冒号myuser，该命令将为您找出组名。如果这在您的系统上可行，那么您就不需要进行id -ng跳舞了。