在热图轴上进行注释

Question

我想制作一个热图，并在轴上添加一些附加注释，如下图所示。在右侧的垂直轴上，有括号和注释，用于表示特定标签的行。

在matplotlib中可能会发生这种情况吗？

Answer 1

在下面，我定义一个函数，该函数基于左下角，宽度和高度作为输入来创建花括号补丁。
然后可以将其与波段的宽度和位置及其名称列表一起循环使用。

请注意：作为第一步，这种方法仍然存在一些缺点：

• 基本形式已完全拉伸，这意味着括号的舍入会随高度（当然还有宽度，在此不变）而变化。可以在下一步中对其进行优化。
• 使用ggplot样式（plt.style.use('ggplot')）后，它不再显示。我以为是因为ggplo样式及其z顺序使用了一些补丁，但到目前为止，我仍无法解决该问题。

代码：

def CurlyBrace(ll_corner=(0, 0), width=1, height=1):
    import matplotlib.path as mpath
    import matplotlib.patches as mpatches
    import numpy as np
    Path = mpath.Path
    verts = np.array([(0, 0), (.5, 0), (.5, .2), (.5, .3), (.5, .5), (1, .5), (.5, .5), (.5, .7), (.5, .8), (.5, 1), (0, 1)])
    verts[:, 0] *= width
    verts[:, 1] *= height
    verts[:, 0] += ll_corner[0]
    verts[:, 1] += ll_corner[1]

    cb_patch = mpatches.PathPatch(
        Path(verts,
             [Path.MOVETO, Path.CURVE3, Path.CURVE3, Path.LINETO, Path.CURVE3, Path.CURVE3, Path.CURVE3, Path.CURVE3, Path.LINETO, Path.CURVE3, Path.CURVE3]),
        fc="none", clip_on=False, transform=ax.transData)
    return cb_patch


import imageio

im = imageio.imread(pic_dir + 'sample_heatmap.png')
fig, ax = plt.subplots()
ax.imshow(im)


bands = np.array([0, 175, 320, 448, 585, 610, 815])
bnames = ['H3K4me3', 'H3K9me3', 'H3K27me3', 'H3K36me3', 'CTCF', 'H3K4me1']
for y, h, bn in zip(bands, np.diff(bands), bnames):
    cb = CurlyBrace([990, y+h*0.025], 30, h*.95)
    ax.add_patch(cb)
    ax.text(1030, y+h/2, bn, va='center')

plt.tight_layout(rect=[0.05, 0, 0.85, 1])

结果：