Question

我搜索了很长时间，尝试了许多建议的解决方案，但没有找到解决我问题的最终方案，我希望我可以陈述足够具体的问题，因为我对整个docker世界还不陌生。

好，就这样：

docker容器在脱机服务器上运行（基于centOS，我认为不重要）
- 我们在本地拉docker映像（在Windows机器上也没关系），然后在脱机服务器上上传并启动它们
- 对于rstudio（rocker）有时会带来不便，因为无法通过install.packages（'pkgname'）下载新软件包，而必须将tar.gz下载为具有所有依赖项，然后上载并安装；可行
- 但是某些软件包还需要安装其他软件，那么我们的解决方法将停止工作
- 在特定情况下，我要安装spacyr pcakage，该软件包可以下载并安装miniconda
- 在本地有效，并且我的工作流程将被（编辑）
docker pull rocker/rstudio
docker container run -d -e PASSWORD=... -p 28787:8787 rocker/rstudio
docker exec -ti some_name /bin/bash
R
install.packages('spacyr')
library(spacyr)
spacy_install()
q()
exit
docker stop some_name
docker commit some_name rstudio_spacyr
-在这里，我将先在服务器上使用docker save，然后再使用docker load-
sudo docker run -d -e PASSWORD=...--rm -p -e ROOT=TRUE 38787:8787 rstudio_spacyr

现在是问题所在：可以通过library(spacyr)加载spacyr，但是以前工作的spacy_install()现在不再显示错误消息：

Finding a python executable with spaCy installed...
Error in set_spacy_python_option(python_executable, virtualenv, condaenv,  : 
  spaCy or language model en is not installed in any of python executables.

但是，如果我进入Rstudio终端并键入sudo ls /root/miniconda/bin，我会看到所有内容。因此，我的提交似乎有效，但是在没有ls: cannot access '/root/miniconda/bin': Permission denied的sudo结果的情况下，我没有root权限作为命令。

奇怪的是，如果我使用sudo R从Rstudio终端启动R，那么一切都会按预期进行。不幸的是，我们需要它在Rstudio中工作，而不仅仅是在R中工作。

我试图做的事情（而且我知道其中一些事情很可怕）：

使用chmod更改根文件夹的权限
运行system("sudo -i")->会导致tty错误消息
从Rstudio运行system('su -')->产生su: must be run from a terminal

现在我真的不知道如何准确地解决这个问题，我将不胜感激。

我怀疑我可能必须在docker commit步骤中更改某些内容？还是应该真正操纵权限和用户？也许我也可以研究miniconda的安装方式，并将其更改为不在root用户中？但是如何？

非常感谢您阅读和评论！

扩展Rstudio Docker映像

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