如何使内循环考虑外循环的每次迭代?

时间:2018-10-08 19:07:34

标签: python loops for-loop bioinformatics

'A', 'U', 'G' or 'C'组成的三个字母的集合定义为密码子。每个密码子对应20个字母之一。这些字母(氨基酸)的集合定义为蛋白质。文件“ codons.txt”包含密码子和相应的字母。

下一个问题是:内部for循环仅工作一次-它仅将txt文件中的行与第一个密码子进行比较。然后,据我了解,该方法跳过了内部循环。

代码:

path = r'C:\Users\...\codons.txt'
f = open(path, 'r')

def prot(DNA):
    protein = ''
    a = True
    for i in range (0, len(DNA)-2,3):
        codon = DNA[i:i+3:1]
        print(codon)
        for line in f:
            if line[0:3:1] == codon:
                protein += line[4:5:1]
                print(protein)
    return protein


prot('AGUCAGGAUAGUCUUA')

输出:

 AGU
 S
 CAG
 GAU
 AGU
 CUU

接下来的问题是:如何使每个密码子的内环起作用?

1 个答案:

答案 0 :(得分:0)

遍历文件(for line in f:)时,到达文件末尾时它将停止。

您可以:

  • 使用f.seek(0)
  • 将文件阅读器位置重置为文件开头
  • 或更改循环顺序,以便您仅在文件上迭代一次。

    def prot(DNA):
        protein = ''
    
        with open(path, 'r') as f:
            for line in f:
                for i in range (0, len(DNA)-2,3):
                    codon = DNA[i:i+3:1]
                    print(codon)
    
                        if line[0:3:1] == codon:
                            protein += line[4:5:1]
                            print(protein)
    
        return protein