Question

我正在尝试在methylkit中创建一个对象，我的数据最初来自BSSeeker2，但我对其进行了转换，以便可以在Methylkit中使用它，首先，我尝试使用他们在此网站http://zvfak.blogspot.com/2012/10/how-to-read-bsmap-methylation-ratio.html上使用的转换。代码行为pool1= methRead("pool1_v2_2018_methcall.CGmap.chr.sorted",sample.id="pool1",assembly="Pm", header=FALSE, context="CpG", resolution="base", pipeline=list(fraction=TRUE, chr.col=1, start.col=2, end.col=3, coverage.col=4, strand.col=5, freqC.col=6))

在这里，我在[.data.frame（数据，coverage.col）中收到错误错误：未定义的列已选择。为此，我使用了read.table函数来查看我的列是否正确放置，如图所示。请注意，FALSE已更改为+

 V1   V2    V3    V4  V5   V6
1 chr1  630  631  1 FALSE 1.00
2 chr1  975  976  4 FALSE 0.00
3 chr1 1035 1036 10 FALSE 0.00
4 chr1 1071 1072 28 FALSE 0.29
5 chr1 1095 1096 16 FALSE 0.19
6 chr1 1155 1156  4 FALSE 0.75

此后，我使用read.table

将日期转换为适合amp格式的头部

   V1   V2   V3  V4 V5  V6  V7
1  630 chr1  630  +  1 100   0
2  975 chr1  975  +  4   0 100
3 1035 chr1 1035  + 10   0 100
4 1071 chr1 1071  + 28  29  71
5 1095 chr1 1095  + 16  19  81
6 1155 chr1 1155  +  4  75  25

在这里，我在[.data.frame（数据，，5）中收到错误错误：未定义的列被选中。因此，coverage列一定存在问题，但我无法弄清楚它是什么，我是R的新手，所以我不知道这是来自甲基试剂盒还是R本身的错误。我希望你们能帮助我。

Answer 1

使用制表符分隔的文件作为输入文件（不是csv或其他定界符）。

最新答复，但希望对寻求答案的人有所帮助

在甲基试剂盒R中选择的未定义列

1 个答案: