Question

我有许多整数行，每行有7列，这是实验记录的一些生物学点。这些数字仅是1到7，我想确定出现这些整数的常见模式。

first few rows of df:

        [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
   [1,]    1    2    3    4    6    7    7
   [2,]    1    2    2    3    3    5    7
   [3,]    1    2    2    3    3    4    5
   [4,]    2    3    4    7    7    7    7
   [5,]    1    1    3    4    5    6    7
   [6,]    2    2    3    3    4    6    6
   [7,]    1    1    2    3    3    6    6
   [8,]    2    2    3    4    6    6    7
   ...

例如

desired output:

pattern freq
1 2 3 4 1
2 3 4 6 2
1 2 3   4
2 2 3   4
...
...

请指教，谢谢。

Answer 1

对于每个序列长度，我们调用freqs，对于m的每一行，它调用rollapply以获取连续的子序列。 ag包含每个子序列及其频率，最后我们省略了没有最小频率minFreq的子序列以保持大小不变。

在代码的最后一行中，我们依次使用freqs（子序列长度）的值分别为4、3、2和1来调用k，以获得这些长度的子序列。将4：1更改为所需的值。同样，在该行中，如果您想要所有的频率，而不仅仅是2个以上的频率，则省略minFreq=2。（我们使用至少2个频率来保持输出大小合理。）

library(plyr)
library(zoo)

freqs <- function(k, m, minFreq = 1) {
  tuples <- if (k == 1) matrix(m) 
    else do.call("rbind", lapply(split(m, row(m)), rollapply, k, c))
  ag <- aggregate(list(freq = 1:nrow(tuples)), as.data.frame(tuples), length)
  subset(ag, freq >= minFreq)
}

do.call("rbind.fill", lapply(4:1, freqs, m, minFreq = 2))

给予：

   V1 V2 V3 V4 freq
1   1  2  2  3    2
2   2  2  3  3    3
3   2  3  3  4    2
4   2  3  4  6    2
5   3  4  6  6    2
6   1  2  2 NA    2
7   1  2  3 NA    2
8   2  2  3 NA    4
9   2  3  3 NA    4
10  2  3  4 NA    3
11  3  3  4 NA    2
12  3  4  5 NA    2
13  3  4  6 NA    3
14  4  6  6 NA    2
15  7  7  7 NA    2
16  1  1 NA NA    2
17  1  2 NA NA    4
18  2  2 NA NA    4
19  2  3 NA NA    7
20  3  3 NA NA    4
21  3  4 NA NA    6
22  4  5 NA NA    2
23  4  6 NA NA    3
24  6  6 NA NA    3
25  6  7 NA NA    3
26  7  7 NA NA    4
27  1 NA NA NA    7
28  2 NA NA NA   11
29  3 NA NA NA   12
30  4 NA NA NA    6
31  5 NA NA NA    3
32  6 NA NA NA    8
33  7 NA NA NA    9

注意

在该问题中，输入被称为df，表明它是一个数据帧，但在问题中的显示表明它实际上是一个矩阵。为了重现性，我们在上面的计算中使用了此矩阵：

m <- matrix(c(1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 2L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 1L, 
  2L, 1L, 2L, 3L, 2L, 2L, 4L, 3L, 3L, 2L, 3L, 4L, 3L, 3L, 7L, 4L, 
  3L, 3L, 4L, 6L, 3L, 3L, 7L, 5L, 4L, 3L, 6L, 7L, 5L, 4L, 7L, 6L, 
  6L, 6L, 6L, 7L, 7L, 5L, 7L, 7L, 6L, 6L, 7L), 8)

从多个整数中确定常见模式的频率

2 个答案:

注意