聚类分析后的Pheatmap列和行顺序

时间:2018-10-04 12:26:10

标签: r cluster-analysis pheatmap

我正在运行一个作弊图,并使用cluster_rows = Tcluster_cols = T对列和行进行聚类。 我需要提取报告列ID和行ID的新顺序的向量。下面的脚本

set.seed(123)
df<-data.frame( matrix(sample(30), ncol = 5))
colnames(df)<-LETTERS[1:5]
subj<-c("P1", "P2","P3", "T1", "T2","T3")
rownames(df)<-subj

library(pheatmap)
pheatmap(t(scale(df)), show_colnames = T, show_rownames = T, 
cluster_rows = T,  cluster_cols = T, legend = TRUE)

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