r-ggord NMDS图的按组的点和实椭圆

Question

我正在使用下面的代码问一个有关使用分组更改椭圆线类型的问题。

# to install ggord
library(devtools)
install_github("fawda123/ggord")

library("ggord")
library("vegan")
library("data.table")

irises <- iris

irises <- as.data.table(irises)

irises[, Group := as.factor(c(rep("Dotted", 100), rep("Solid", 50)))]

ord <- metaMDS(irises[, 1:4])

ggord(ord, irises$Species, poly = FALSE, vectyp = irises$Group)

在这个例子中，我想让setosa和versicolor用点缀椭圆和virginica的实心椭圆表示。这在虹膜的“组”列中标识。有什么建议吗？

Answer 1

v1.1.3包含一个polylntyp参数。

library(devtools)
install_github("fawda123/ggord")

library("ggord")
library("vegan")
library("data.table")
library("ggplot2"

irises <- iris

irises <- as.data.table(irises)

ord <- metaMDS(irises[, 1:4])

p <- ggord(ord, irises$Species, poly = FALSE, polylntyp = irises$Species)
p

# change defaults
p + scale_linetype_manual(values = c('solid', 'solid', 'dashed'))