标签： python alignment fasta
我想知道是否有一种使用perl或python的方法从MSA中删除仅有空格的列-和/或N和/或？ （除核苷酸外的所有内容）。它将在多个MSA上运行。
seq1 ATCGNN-?? ATCG seq2 ATCGNN--ATCGCG seq3 ATCG-？NCGAAAAA
（删除第5、6、7列）
我知道有一些工具，例如TrimAl，可以选择删除空白位置，但是我不知道我是否可以使其适应于仅包含字符“-”，“ N”，“？”的位置。我想在对齐的其他部分保留？，N，-，所以我认为tr命令不能帮上忙吗？
谢谢