在bash中编辑文件头

Question

我有一个包含以下标头的文件。

LESlike5.fasta_LESlike5|6543350|2181116|74|Aca1|1.9e-49|167.1|567531|567602|1|1|1702592|1702805|1697592|1707805

由于标头太长，我无法在内部prokka中注释文件。因此，我希望标头如下所示：

LESlike5.fasta_1702592_1702805_1697592_1707805

我知道sed命令可能有用，但是我不能删除特殊字符'|'通过使用sed。我尝试删除sed 's/|/'，但没有工作。如何编辑标题？

Answer 1

使用awk：使用|和_作为输入字段分隔符（FS）和_作为输出字段分隔符（OFS）并首先打印（ $1）和最后四列。 $NF包含最后一列。

awk 'BEGIN{FS="[|_]"; OFS="_"} {print $1,$(NF-3),$(NF-2),$(NF-1),$NF}' file

输出：

LESlike5.fasta_1702592_1702805_1697592_1707805