编辑：问题已在optimParallel 0.7-4版本中解决

Question

我想使用optimParallel从R中的包中优化函数。到现在为止，我只优化了在环境中编写的函数，并且该函数一直有效。但是任何包中的功能都无法正常工作，并且出现错误。我使用.libPaths（）检查每个节点上的路径是否相同，并使用Sys.info（）检查是否有任何差异。这是一个示例（没有意义，但应该显示我的问题）

library(optimParallel)

.libPaths()
[1] "C:/Users/Name/Documents/R/win-library/3.5" "C:/Program Files/R/R-3.5.1/library"       

cl <- makeCluster(2) #also tried to set "master" to my IP
clusterEvalQ(cl, .libPaths())
[[1]]
[1] "C:/Users/Name/Documents/R/win-library/3.5" "C:/Program Files/R/R-3.5.1/library"       

[[2]]
[1] "C:/Users/Name/Documents/R/win-library/3.5" "C:/Program Files/R/R-3.5.1/library" 

setDefaultCluster(cl)
optimParallel(par=0, dnorm, mean=1, method = "L-BFGS-B")$par
Error in checkForRemoteErrors(val) : 
   2 nodes produced errors; first error: object 'C_dnorm' not found

#for comparison 
optim(par=0, dnorm, mean=1, method = "L-BFGS-B")$par
[1] -5.263924

我在做什么错了？

Answer 1

考虑到您的错误消息表明并行进程未获得足够的信息，我查看了optimParallel软件包文档中的示例。第一个定义了一个辅助函数，该函数将随环境一起提供，但在某些方面与您的环境类似。

library(optimParallel)
 set.seed(123); x <- rnorm(n=1000, mean=1, sd=2)
 negll <- function(par, x) -sum(dnorm(x=x, mean=par[1], sd=par[2], log=TRUE))
 o1 <- optimParallel(par=c(0, 1), fn=negll, x=x, method="L-BFGS-B", lower=c(-Inf, 0.0001))
 o1$par
#[1] 1.032256 1.982398

该示例也与您的示例不同，因为它使用数据来估计参数。我不确定您的结果意味着什么，但是我确实理解了我在此处发布的示例修改所返回的值。该特定数据的最小对数可能性（由于我忘记设置种子而不完全可重现），平均值为1.126，标准差为2.007。

有关如何创建非基本软件包的环境被带到工作人员的情况的示例，请参见以下先前的答案：parallel::clusterExport how to pass nested functions from global environment?

Answer 2

编辑：问题已在optimParallel 0.7-4版本中解决

该版本在CRAN上可用：https://CRAN.R-project.org/package=optimParallel

对于旧版本：

一种解决方法是将dnorm()包装到.GlobalEnv中定义的函数中。

library("optimParallel")
cl <- makeCluster(2) 
setDefaultCluster(cl)
f <- function(x, mean) dnorm(x, mean=mean)
optimParallel(par=0, f, mean=1, method="L-BFGS-B")$par
[1] -5.263924

一个更困难的任务是解释问题发生的原因：

optimParallel()使用parallel::parLapply()来评估f。
parLapply()的参数为cl，X，fun。
如果我们不经预处理就使用parLapply()的{{1}}传递的参数，则...不能有名为optimParallel()的参数，f，cl，因为这会导致以下错误：
```
X
```
简而言之，fun通过从Error in lapply(X = x, FUN = f, ...) (from #2) : formal argument "X" matched by multiple actual arguments中删除所有参数，将其放入环境中并在该环境中评估optimParallel()来避免此错误。
当在另一个R包中定义f并链接到已编译的代码时，会发生该方法的问题。上面的问题说明了这种情况。

欢迎提出更好的方法来解决此问题。我打开了一个相应的问题here。只要没有更好的解决方案，就可以使用上述解决方法。

同名软件包中的optimParallel找不到C_dnorm函数

2 个答案:

编辑：问题已在optimParallel 0.7-4版本中解决

对于旧版本：