Question

我正在尝试使用rmarkdown在RStudio中完全撰写科学文章和相关的补充材料。

很显然，本书是在文件（https://stackoverflow.com/a/38884378/576684）之间进行交叉引用的一种方式，但是我也希望能够在另一个pdf中引用一个pdf中产生的图形。

尽管我的乳胶随着时间的流逝已经很生锈，但我认为可以通过以下方式实现：

第一次使用rmarkdown :: render（）编译文章tex和SuppMat tex
从命令行编译这些tex文件，以便将相应的.aux文件与它们的引用一起保存（丢失的引用目前不会解决）
另一次从命令行重新编译2 tex文件，现在应该解析所有引用

这样做是否合理？我可以忽略一些更简单的东西吗？无论如何，它都需要：

每个pdf文件中的数字编号不同（由https://stackoverflow.com/a/51337664/576684覆盖）
为防止rmarkdown破坏.aux文件（pandoc不允许这样做，因此需要使用独立的乳胶创建aux文件）
告诉乳胶（如果找到）使用其他.aux文件（可能使用YAML标头中的header-includes:）。我该如何实现？

非常感谢您的帮助！

Answer 1

事实证明，xr软件包是一种解决方法：https://texblog.org/2016/08/23/adding-references-from-an-external-file/

所以这在R中有效：

rmarkdown::render("myarticle_ms.Rmd", 
                  bookdown::pdf_book(base_format=rticles::plos_article),
                  clean=FALSE)

rmarkdown::render("myarticle_SM.Rmd", 
                  bookdown::pdf_book(base_format=rticles::plos_article),
                  clean=FALSE)

tinytex::pdflatex("myarticle_ms.tex", clean=FALSE)
tinytex::pdflatex("myarticle_SM.tex", clean=FALSE)

tinytex::pdflatex("myarticle_ms.tex")
tinytex::pdflatex("myarticle_SM.tex")

在myarticle_ms.Rmd的YAML头中包含以下内容（以及对应的一个SuppMat文件头）：

header-includes:
  \usepackage{xr} \externaldocument{myarticle_SM}

希望这会使其他一些人的生活更轻松：）

knitr / rmarkdown / Latex：如何交叉引用2个不同pdf文件中的图形和表格？

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