Question

我想要一个遍历下面每个列表项的函数，如果该项目不带有'>'，我希望函数将每行中的字符然后将它们加在一起'''' ''' 我的第一个问题是我不知道如何在字符串列表中使用startswith（）类型的函数我的第二个问题是我不知道如何汇总所有行此功能需要在具有任意数量字符的行上工作。

示例列表

one_seq = ['>JM_001 hypo pr\n', 'MQGNQST\n', 'HLR\n']

我正在尝试将递归代码放在一起

def get_seq_length(seq):
    if line in seq line.startswith('>'):
        return sum(seq)
    else:
        length = get_seq_length(len(seq))
        return length

get_seq_length(one_seq)

Answer 1

不要认为此代码需要递归，请尝试以下操作：

sum([len(x) for x in one_seq if not x.startswith(">")])

对于每个不以“>”开头的元素，它将使用len函数计算字符数。然后将所有相关元素的长度相加，得出总数

Answer 2

IDLE中的某些内容可以为您提供字符串的第一个字符：

>>> s = "asdf"
>>> s[0]
'a'

您可以访问字符串中的字符，例如数组的元素。如果您尝试超出范围访问某些内容，则会收到错误消息。

因此，如果您知道字符串中至少包含一个元素，

for item in your_list:
    if item[0] == '>':
        #Do Something

如果您需要不带>前缀的字符串的总长度，

count = 0
for item in your_list:
    if item[0] != '>':
        count = count + len(item)

Answer 3

此函数返回所有不以>开头的条目的长度。它不需要递归，只需遍历列表即可。

def get_seq_length(seq):
    count = 0
    for line in seq:
        if !line.startswith('>'):
            count += len(line)
    return count

get_seq_length(one_seq)

Answer 4

IIUC您想计算行列表（cos）中每个元素（或行）中的字符数。要计算给定行中的字符数，可以使用one_seq，然后利用列表推导和len()将每一行的字符数相加。在您的OP中，听起来好像您只想这样做，如果列表中的至少1 行不是以sum()开头，您可以使用> 。应该这样做：

any()

测试一些示例：

sum([len(line) for line in one_seq if any(not l.startswith('>') for l in one_seq)])

收益：

one_seq = ['>JM_001 hypo pr\n', 'MQGNQST\n', 'HLR\n']
one_seq = ['>JM_001 hypo pr\n', '>MQGNQST\n', '>HLR\n']
one_seq = ['>JM_93rnfo pr\n', '>MQGT\n', 'HKHASDKN\n']

Answer 5

我希望您可能会发现拥有序列ID和序列长度会很有用。这将使用列表理解，该列表理解与先前的答案相同，但也摆脱了换行符（\n）。

one_seq = ['>JM_001 hypo pr\n', 'MQGNQST\n', 'HLR\n']
seq_id,seq_len = process_seq(one_seq)

def process_seq(seq_lines):

    # using first line, remove >, remove \n and split at spaces taking the first part
    seq_id = seq_lines[0].replace('>','').rstrip().split(" ")[0]

    # get the sequence length:
    seq_len = sum(len(line.rstrip()) for line in seq_lines if not line.startswith('>'))

    return (seq_id,seq_len)

Python从多行不同长度的行中求和

5 个答案: