提取两个标记之间的文本并替换字符

Question

我想改变

>lcl|ORF183:9482:8118 unnamed protein product

进入

>ORF183:9482-8118

保留|之后和“空白”之前的所有内容，并将第二个:替换为-

到目前为止，我正在使用以下代码进行操作：

sed -e '/^>/s/ .*//' -e '/^>/s/|/ /' -e '/^>/s/lcl //' -e '/^>/s/\(.*\):/\1-/'

但希望用一个简单的单行代码来实现。

Answer 1

这可能有效：

sed -e 's/\(^.*|\)\(.*\):\(.*\):\(.*\)[[:space:]]\(unnamed.*$\)/>\2:\3-\4/' 

Answer 2

根据您尝试的代码，有一些改进

$ sed -e '/^>/s/ .*//' -e '/^>/s/lcl|//' -e '/^>/s/:/-/2' ip.txt
>ORF183:9482-8118

• -e '/^>/s/|/ /' -e '/^>/s/lcl //'可以简化为-e '/^>/s/lcl|//'
  • 如果要匹配s/>[^|]*|/>/和>之间的任何文本，请使用|
• sed可以指定要替换的匹配项，s/:/-/2表示将第二个:替换为-

如果您的sed实现允许分组，则可以在;内为特定地址将所有命令（用{}分隔）分组

$ sed '/^>/{s/ .*//; s/lcl|//; s/:/-/2}' ip.txt
>ORF183:9482-8118

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