FlowJo v10.0中的锹

Question

我在R中安装spade软件包时遇到问题：

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
Bioconductor version 3.7 (BiocInstaller 1.30.0), ?biocLite for help
> biocLite("spade")
BioC_mirror: https://bioconductor.org
Using Bioconductor 3.7 (BiocInstaller 1.30.0), R 3.5.1 (2018-07-02).
Installing package(s) ‘spade’
Old packages: 'foreign', 'survival'
Update all/some/none? [a/s/n]: 
n
Warning message:
package ‘spade’ is not available (for R version 3.5.1) 
> 

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Answer 1

该问题可能与以下事实有关：铁锹出现在BioConductor 3.4版中删除的软件包列表中。看到： https://bioconductor.org/about/removed-packages/

尝试将最新版本的spade_1.8.0安装到R 3.5.1中失败，因为它依赖于另一个废弃的软件包igraph0。 igraph0已被igraph取代。由于igraph与igraph0有很大的不同，您可能需要确定该软件包的所有用途，并重写该软件包的代码，然后在本地安装。

另一个难题是您选择不更新安装程序脚本中标识为缺少的软件包。在这种情况下，这没有什么区别（无论如何这都是一个误导性的信息），但是我将来不建议这样做。