因此,我是Python的新手,并且正在开发一个简单的程序,该程序将读取蛋白质名称(PDB ID)的文本文件,并创建一个URL来搜索该蛋白质和一些相关数据的数据库(PDB)。
不幸的是,作为一个新手,我忘记保存脚本了,所以我不记得为使代码正常工作所做的一切!
到目前为止,我的代码如下:
import urllib
import urllib.parse
import urllib.request
import os
os.chdir("C:\\PythonProjects\\Samudrala Lab Projects")
protein_file = open("protein_list.txt","r")
protein_list = protein_file.read()
for item in protein_list:
item = item[0:4]
query_string =urlencode('customReportColumns','averageBFactor','resolution','experimentalTechnique','service=wsfile','format=csv')
**final_URL = url + '?pdbid={}{}'.format(url, item, query_string)**
print(final_URL)
我停留的代码行已加星标。
循环中的对象“ final_url”缺少一些修改,以表示我希望URL搜索该项目作为pdbid。谁能给我一个提示,让我知道如何将该URL作为PDBID插入列表中的每个项目?
我收到一个类型错误,指示它不是有效的非字符串序列或映射对象。编辑原始帖子以添加此信息。
如果这是一个不清楚的问题,或者您需要其他信息,请告诉我。
谢谢!
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这样的事情怎么样?
final_URL = "{}?pdbids={}{}".format(url, item, query_string)