计算姐妹物种之间的性状差异

Question

我有一个系统发育和3-D形态计量数据。我想计算姐妹分类单元PC得分之间的特征差异。 R或R脚本中是否存在可以执行此操作的功能？

Answer 1

您确实可以按照注释中的建议将dispRity软件包与geomorph软件包结合使用。

通过R将3D数据正确读入geomorph后，您可以使用以下简单管道：

## Make sure the packages are installed
library(dispRity)
library(geomorph)

## Some example 2D dataset
data(plethodon)

## Performing some GPA
procrustes <- gpagen(plethodon$land, PrinAxes=FALSE)

## Creating a geomorph dataframe
geomorphDF <- geomorph.data.frame(procrustes, species = plethodon$species)

## Creating a dispRity object and performing and ordination
ordination <- geomorph.ordination(geomorphDF)

## Measuring disparity as the sum of variances
disparity <- dispRity(ordination, metric = c(sum, variances))

summary(disparity)
#         subsets  n   obs
# 1  species.Jord 20 0.004
# 2 species.Teyah 20 0.004

当然，我强烈建议您在每个步骤中都要做出的影响和做出的决定（有关每个步骤的详细信息，请参见功能手册）。