如何在R程序中读取bgz文件，或将其转换为R可以读取的文件？

Question

我需要读取一个名为nnnnn.gwas.imputed_v3.both_sexes.tsv.bgz的GWAS文件 如何在R中阅读此内容，或将其转换为R可以阅读的内容？

尝试

aa_100022 <-read_tsv（100022.gwas.imputed_v3.both_sexes.tsv.bgz）

并收到以下消息：

错误：“ aa_100022 <-read_tsv（100022.gwas.imputed_v3.both_sexes.tsv.bgz”中出现意外符号

read_delim的文档说，以.gz，.bz2，.xz或.zip结尾的文件将自动解压缩。没有提及.bgz 同样不适用于此文件：read.tsv，read_csv，read.csv-相同消息

因此，我回到了如何解压缩.bgz的问题？可以在R中完成此操作，还是在进入R前文件需要进行预处理？这是一个超级用户问题吗？

Answer 1

您可以使用R.utils软件包中的gunzip功能。

例如

aa_100022 <- gunzip(“original file name.tsv.bgz”, “destinate file name.tsv”)

aa_100022 <- read_tsv(“destinate file name.tsv”)