我正在尝试使用RStudio中的R ODBC驱动程序连接到PostgreSQL数据库。由于某些原因,R无法检测到驱动程序:
$ Rscript -e 'odbc::odbcListDrivers()'
[1] name attribute value
<0 rows> (or 0-length row.names)
就我所知,它们已经正确安装(使用自制软件):
$ brew list
freetds gettext git icu4c libtool openssl pcre2 pkg-config
postgresql psqlodbc readline sqlite sqliteodbc unixodbc
$ odbcinst -j
unixODBC 2.3.6
DRIVERS............: /etc/odbcinst.ini
SYSTEM DATA SOURCES: /etc/odbc.ini
FILE DATA SOURCES..: /etc/ODBCDataSources
USER DATA SOURCES..: /Users/barthf/.odbc.ini
SQLULEN Size.......: 8
SQLLEN Size........: 8
SQLSETPOSIROW Size.: 8
$ cat /etc/odbcinst.ini
[PostgreSQL Driver]
Driver = /usr/local/lib/psqlodbcw.so
[SQLite Driver]
Driver = /usr/local/lib/libsqlite3odbc.dylib
$ ls /usr/local/lib/ | grep odbc.*so$
libsqlite3odbc.so
libtdsodbc.0.so
libtdsodbc.so
psqlodbca.so
psqlodbcw.so
我正在跑步:
R version 3.4.2 (2017-09-28)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: OS X El Capitan 10.11.6
locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] DBI_1.0.0 odbc_1.1.6
loaded via a namespace (and not attached):
[1] Rcpp_0.12.18 dbplyr_1.1.0 compiler_3.4.2 pillar_1.2.3 later_0.7.1 plyr_1.8.4
[7] bindr_0.1.1 base64enc_0.1-3 tools_3.4.2 digest_0.6.12 bit_1.1-12 jsonlite_1.5
[13] tibble_1.4.2 nlme_3.1-131 lattice_0.20-35 pkgconfig_2.0.2 rlang_0.2.2 psych_1.7.8
[19] shiny_1.0.5 rstudioapi_0.7 parallel_3.4.2 RPostgreSQL_0.6-2 yaml_2.1.14 bindrcpp_0.2.2
[25] stringr_1.2.0 httr_1.3.1 dplyr_0.7.5 sparklyr_0.8.4 hms_0.4.2 rprojroot_1.2
[31] bit64_0.9-7 grid_3.4.2 tidyselect_0.2.4 glue_1.2.0 R6_2.2.2 foreign_0.8-69
[37] tidyr_0.7.2 reshape2_1.4.2 purrr_0.2.5 blob_1.1.1 magrittr_1.5 backports_1.1.1
[43] promises_1.0.1 htmltools_0.3.6 mnormt_1.5-5 assertthat_0.2.0 mime_0.5 xtable_1.8-2
[49] httpuv_1.4.0 stringi_1.1.5 lazyeval_0.2.1 broom_0.4.2
由于某些我不知道的原因,RPostgreSQL::PostgreSQL()
驱动程序可以正常工作。但是,我想使用ODBC驱动程序,以便可以使用RStudio连接功能。当我尝试使用RStudio创建New Connection
时,对话框窗口仅显示用于连接到Livy
和Spark
的选项。
根据建议,以下是尝试的连接代码:
使用ODBC
:
> con <- DBI::dbConnect(odbc::odbc(),
+ driver = "PostgreSQL Driver",
+ database = "postgres",
+ UID = rstudioapi::askForPassword("Database user"),
+ PWD = rstudioapi::askForPassword("Database password"),
+ host = "localhost",
+ port = 5432) ## returns error below
Error: nanodbc/nanodbc.cpp:950: 01000: [unixODBC][Driver Manager]Can't open lib 'PostgreSQL Driver' : file not found
使用RPostgreSQL
:
con <- DBI::dbConnect(RPostgreSQL::PostgreSQL(),
+ dbname = "postgres",
+ user = rstudioapi::askForPassword("Database user"),
+ password = rstudioapi::askForPassword("Database password"),
+ host = "localhost",
+ port = 5432) ## works fine
有什么想法为什么R ODBC驱动程序似乎不起作用?关于我可以在这里尝试的事情有什么建议吗?
答案 0 :(得分:2)
对于仍然停留在此问题上的其他人-我花了几个小时试图获取odbc::odbcListDrivers()
命令以打印出我知道在Mac上的驱动程序。
我通常使用Windows机器,以前从未遇到过此问题,因此想尽办法也是出于我的深度。
关于StackOverflow和 r-dbi / odbc github的问题部分,有几个问题,其中有各种各样的答案-但没有一个对我有用。
我以为我要为Mac解决该问题提供详细的答案。
RStudio提供有关为Windows / Mac / Linux计算机设置驱动程序的指南。安装unixODBC和驱动程序(例如PostgreSQL)后,您将编辑以下两个文件odbcinst.ini
(定义驱动程序选项)和odbc.ini
(定义连接选项)。
在Mac上,我不知道要看哪里,所以我去搜索并在/Library/ODBC/odbcinst.ini
上找到了它。
该文件中包含我认为将使用odbc::odbcListDrivers()
显示的驱动程序信息-并非如此。
经过大量的搜索之后,我发现以下命令可以在Mac终端odbcinst -j
中键入以显示驱动程序的文件位置和数据源名称信息。这将在以下路径/Users/myusername/.odbc.ini
上显示odbc.ini文件的位置。
注意.odbc.ini
中的前导点。
点表示隐藏文件。键入SHIFT + CMD + .
以显示它们。
导航到/Users/myusername
并显示隐藏文件后,我也看到了.odbcinst.ini
。我在文本编辑器中打开了该文件,但很惊讶,它是空的。
我打开/Library/ODBC/odbcinst.ini
,复制内容并将其粘贴到/Users/myusername/.odbcinst.ini
中。
我跳回R控制台,最后,我可以使用odbc::odbcListDrivers()
返回值。