R和RStudio未检测到已安装的PostgreSQL(或任何其他)ODBC驱动程序

时间:2018-09-13 15:10:36

标签: r odbc rstudio rodbc rpostgresql

我正在尝试使用RStudio中的R ODBC驱动程序连接到PostgreSQL数据库。由于某些原因,R无法检测到驱动程序:

$ Rscript -e 'odbc::odbcListDrivers()'
[1] name      attribute value    
<0 rows> (or 0-length row.names)

就我所知,它们已经正确安装(使用自制软件):

$ brew list
freetds     gettext     git     icu4c       libtool     openssl     pcre2       pkg-config  
postgresql  psqlodbc    readline    sqlite      sqliteodbc  unixodbc

$ odbcinst -j
unixODBC 2.3.6
DRIVERS............: /etc/odbcinst.ini
SYSTEM DATA SOURCES: /etc/odbc.ini
FILE DATA SOURCES..: /etc/ODBCDataSources
USER DATA SOURCES..: /Users/barthf/.odbc.ini
SQLULEN Size.......: 8
SQLLEN Size........: 8
SQLSETPOSIROW Size.: 8

$ cat /etc/odbcinst.ini
[PostgreSQL Driver]
Driver          = /usr/local/lib/psqlodbcw.so

[SQLite Driver]
Driver          = /usr/local/lib/libsqlite3odbc.dylib

$ ls /usr/local/lib/ | grep odbc.*so$
libsqlite3odbc.so
libtdsodbc.0.so
libtdsodbc.so
psqlodbca.so
psqlodbcw.so

我正在跑步:

R version 3.4.2 (2017-09-28)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: OS X El Capitan 10.11.6

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] DBI_1.0.0  odbc_1.1.6

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_0.12.18      dbplyr_1.1.0      compiler_3.4.2    pillar_1.2.3      later_0.7.1       plyr_1.8.4       
 [7] bindr_0.1.1       base64enc_0.1-3   tools_3.4.2       digest_0.6.12     bit_1.1-12        jsonlite_1.5     
[13] tibble_1.4.2      nlme_3.1-131      lattice_0.20-35   pkgconfig_2.0.2   rlang_0.2.2       psych_1.7.8      
[19] shiny_1.0.5       rstudioapi_0.7    parallel_3.4.2    RPostgreSQL_0.6-2 yaml_2.1.14       bindrcpp_0.2.2   
[25] stringr_1.2.0     httr_1.3.1        dplyr_0.7.5       sparklyr_0.8.4    hms_0.4.2         rprojroot_1.2    
[31] bit64_0.9-7       grid_3.4.2        tidyselect_0.2.4  glue_1.2.0        R6_2.2.2          foreign_0.8-69   
[37] tidyr_0.7.2       reshape2_1.4.2    purrr_0.2.5       blob_1.1.1        magrittr_1.5      backports_1.1.1  
[43] promises_1.0.1    htmltools_0.3.6   mnormt_1.5-5      assertthat_0.2.0  mime_0.5          xtable_1.8-2     
[49] httpuv_1.4.0      stringi_1.1.5     lazyeval_0.2.1    broom_0.4.2    

由于某些我不知道的原因,RPostgreSQL::PostgreSQL()驱动程序可以正常工作。但是,我想使用ODBC驱动程序,以便可以使用RStudio连接功能。当我尝试使用RStudio创建New Connection时,对话框窗口仅显示用于连接到LivySpark的选项。

根据建议,以下是尝试的连接代码:

使用ODBC

> con <- DBI::dbConnect(odbc::odbc(),
+                       driver = "PostgreSQL Driver",
+                       database = "postgres",
+                       UID    = rstudioapi::askForPassword("Database user"),
+                       PWD    = rstudioapi::askForPassword("Database password"),
+                       host = "localhost",
+                       port = 5432) ## returns error below
Error: nanodbc/nanodbc.cpp:950: 01000: [unixODBC][Driver Manager]Can't open lib 'PostgreSQL Driver' : file not found 

使用RPostgreSQL

con <- DBI::dbConnect(RPostgreSQL::PostgreSQL(),
+   dbname = "postgres",
+   user    = rstudioapi::askForPassword("Database user"),
+   password    = rstudioapi::askForPassword("Database password"),
+   host = "localhost",
+   port = 5432) ## works fine

有什么想法为什么R ODBC驱动程序似乎不起作用?关于我可以在这里尝试的事情有什么建议吗?

1 个答案:

答案 0 :(得分:2)

对于仍然停留在此问题上的其他人-我花了几个小时试图获取odbc::odbcListDrivers()命令以打印出我知道在Mac上的驱动程序。

我通常使用Windows机器,以前从未遇到过此问题,因此想尽办法也是出于我的深度。

关于StackOverflow和 r-dbi / odbc github的问题部分,有几个问题,其中有各种各样的答案-但没有一个对我有用。

我以为我要为Mac解决该问题提供详细的答案。

RStudio提供有关为Windows / Mac / Linux计算机设置驱动程序的指南。安装unixODBC和驱动程序(例如PostgreSQL)后,您将编辑以下两个文件odbcinst.ini(定义驱动程序选项)和odbc.ini(定义连接选项)。

在Mac上,我不知道要看哪里,所以我去搜索并在/Library/ODBC/odbcinst.ini上找到了它。

该文件中包含我认为将使用odbc::odbcListDrivers()显示的驱动程序信息-并非如此。

经过大量的搜索之后,我发现以下命令可以在Mac终端odbcinst -j中键入以显示驱动程序的文件位置和数据源名称信息。这将在以下路径/Users/myusername/.odbc.ini上显示odbc.ini文件的位置。

注意.odbc.ini中的前导点。

点表示隐藏文件。键入SHIFT + CMD + .以显示它们。

导航到/Users/myusername并显示隐藏文件后,我也看到了.odbcinst.ini。我在文本编辑器中打开了该文件,但很惊讶,它是空的。

我打开/Library/ODBC/odbcinst.ini,复制内容并将其粘贴到/Users/myusername/.odbcinst.ini中。

我跳回R控制台,最后,我可以使用odbc::odbcListDrivers()返回值。