Question

我有一个文件列表：

path/dir/*.gz

我想提供此文件列表作为bash脚本中的输入，以及与分析有关的其他参数（即输出文件夹和线程数）。

./myscript.sh path/dir/*.gz output_path 2

myscript.sh包含以下命令：

fastqc $1 -o $2 -t $3 --noextract -d ./

fastqc程序能够在多个线程上运行输入文件列表。我在SGE群集中使用此脚本，因此使用命令“ qsub”。我以以下方式运行它：

qsub ./myscript.sh path/dir/*.gz output_path 2

但是，它不起作用。有人知道为什么，可以提出解决方案吗？我的理解是，我搞砸了输入文件列表作为参数。

Answer 1

您的问题是，在脚本启动前，外壳程序会将通配符扩展为单个文件名。

以下是一些策略：

从列表中选择最后2个参数：

#!/bin/bash

if (( $# < 3 )); then
    echo not enough arguments
    exit 1
fi

# threads is the last argument
n=$#
threads=${!n}

# output_path is the 2nd-last argument
((n--))
output_path=${!n}

# discard the last 2 arguments
((n--))
set -- "${@:1:n}"

# now "$@" is the list of input files.
for file in "$@"; do
    fastqc "$file" -o "$output_path" -t "$threads" --noextract -d ./
done

这使用“间接变量”（${!n}）提取数字$ n的位置参数值。

使用命令行选项提供输出路径和线程数：

#!/bin/bash
while getopts :o:t:h opt; do
    case $opt in
        h) show_help; exit ;;
        o) output_path=$OPTARG ;;
        t) threads=$OPTARG ;;
        *) exit ;; # some error
    esac
done

if [[ -z $output_path ]]; then
    echo error message
    exit 1
fi
if [[ -z $threads ]]; then 
    echo error message
    exit 1
fi
# other validations, like $threads is a sensible whole number

shift $((OPTIND - 1))

# now "$@" is the list of input files.
for file in "$@"; do
    fastqc "$file" -o "$output_path" -t "$threads" --noextract -d ./
done

我不知道fastqc，但是如果它可以接收多个输入文件，那么请执行循环操作而不是循环操作

fastqc "$@" -o "$output_path" -t "$threads" --noextract -d ./

文件列表作为bash脚本的输入参数

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