Question

我正在使用pca3d软件包来绘制基因表达数据的主要成分1-5。我在标准化3d图时遇到了困难，因此我绘制了PC1 vs PC2，PC2 vs PC3等。

par(mfrow = c(2,2))
for(n in 1:4){

  pca2d(pcaSix$x[,n:(n+1)], # Mclust Grouping - module Genes
        title = "Six Genes From Abel, et al. 2011",
        shape = 16,
        group = clustersMod1six,
        radius = 1,
        legend = NULL,
        show.centroids = FALSE,
        show.ellipses = TRUE,
        col = ClusterColorsSix,
        axe.titles = c(paste("PCA",
                             n,
                             sep = ""),
                       paste("PCA",
                             n+1,
                             sep = "")
                       ),
        xlim = c(-1,1),
        ylim = c(-1,1)
        ) 

}

我遇到的问题是xlim和ylim参数似乎对情节没有任何影响，我发现this post建议使用{{1 }}参数，但是设置asp不允许我更改轴。

有人知道我可以如何强制asp来更改轴限制吗？

Answer 1

不修改功能，就无法控制轴。参见line 32：

plot(NULL, type= "n", 
  xlim= prange$x,
  ylim= prange$y,
  xlab= xlab,
  ylab= ylab,
  bty= "none"
  )

如何在pca2d中更改轴尺寸？

1 个答案: