wget下载html文件,但我需要一个fasta文件

时间:2018-09-08 13:40:34

标签: wget ncbi

我必须在NCBI上搜索ID CAA37914,并使用ubuntu-18.04上的wget下载fasta文件,并将文件重命名为CAA37914.fa。

我查找了ID,并获得了以下网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/CAA37914.1/?report=fasta

我尝试了以下操作:

wget https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/CAA37914.1/?report=fasta -O CAA37914.fa

但是那没有用。我在做什么错了?

我得到一个带有html输出的文件

编辑:

我认为我必须这样做:

wget “link/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=nucleotide&id=NM_208885&retype=fasta” -O NP_983532_dna.fa 

1 个答案:

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我知道了。 这就是答案:

wget "http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=nucleotide&id=CAA37914&rettype=fasta" -O CAA37914.fa